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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3aqe | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the extracellular domain of human RAMP2 | ||||||
![]() | Receptor activity-modifying protein 2 | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / Transmembrane / GPCR / Adrenomedullin / TRAFFICKING / CLR / CGRP / Endoplasmic Reticulum / DISEASE / Neovascularization / Helix bundle / Calcitonin Receptor-Like Receptor (CRLR) / Endoplasmic Reticulum (ER) / Cell membrane | ||||||
機能・相同性 | ![]() basement membrane assembly / vascular associated smooth muscle cell development / adrenomedullin binding / adrenomedullin receptor activity / adrenomedullin receptor complex / adrenomedullin receptor signaling pathway / Calcitonin-like ligand receptors / positive regulation of vasculogenesis / bicellular tight junction assembly / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway ...basement membrane assembly / vascular associated smooth muscle cell development / adrenomedullin binding / adrenomedullin receptor activity / adrenomedullin receptor complex / adrenomedullin receptor signaling pathway / Calcitonin-like ligand receptors / positive regulation of vasculogenesis / bicellular tight junction assembly / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / adherens junction assembly / negative regulation of vascular permeability / sprouting angiogenesis / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / vasculogenesis / coreceptor activity / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / clathrin-coated pit / cellular response to hormone stimulus / protein localization to plasma membrane / intracellular protein transport / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / receptor internalization / regulation of blood pressure / positive regulation of angiogenesis / calcium ion transport / protein transport / heart development / G alpha (s) signalling events / angiogenesis / receptor complex / lysosome / G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of gene expression / cell surface / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kusano, S. / Kukimoto-Niino, M. / Shirouzu, M. / Shindo, T. / Yokoyama, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for extracellular interactions between calcitonin receptor-like receptor and receptor activity-modifying protein 2 for adrenomedullin-specific binding 著者: Kusano, S. / Kukimoto-Niino, M. / Hino, N. / Ohsawa, N. / Okuda, K. / Sakamoto, K. / Shirouzu, M. / Shindo, T. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 106.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 90 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10581.471 Da / 分子数: 6 / 断片: extracellular Domain, UNP residues 56-139 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.48 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 0.1M Sodium-HEPES, 25% (v/v) PEG 400, 0.2M Calcium chloride di-hydrate, 0.15% Agarose , pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月6日 | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 33866 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.62 % / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 19.3 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Mean I/σ(I) obs: 7.7 / Rsym value: 0.24 / % possible all: 99.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.941 Å2 / ksol: 0.376 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 124.91 Å2 / Biso mean: 28.0343 Å2 / Biso min: 7.88 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→36.408 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12
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Xplor file |
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