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- PDB-3apv: Crystal structure of the A variant of human alpha1-acid glycoprot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3apv
タイトルCrystal structure of the A variant of human alpha1-acid glycoprotein and amitriptyline complex
要素Alpha-1-acid glycoprotein 2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / beta barrel / PLASMA PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of interleukin-1 production / regulation of immune system process / platelet alpha granule lumen / positive regulation of interleukin-1 beta production / acute-phase response / specific granule lumen / positive regulation of tumor necrosis factor production / azurophil granule lumen / Platelet degranulation / collagen-containing extracellular matrix ...positive regulation of interleukin-1 production / regulation of immune system process / platelet alpha granule lumen / positive regulation of interleukin-1 beta production / acute-phase response / specific granule lumen / positive regulation of tumor necrosis factor production / azurophil granule lumen / Platelet degranulation / collagen-containing extracellular matrix / blood microparticle / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Alpha-1-acid glycoprotein / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Amitriptyline / Alpha-1-acid glycoprotein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Nishi, K. / Ono, T. / Nakamura, T. / Fukunaga, N. / Izumi, M. / Watanabe, H. / Suenaga, A. / Maruyama, T. / Yamagata, Y. / Curry, S. / Otagiri, M.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural insights into differences in drug-binding selectivity between two forms of human alpha1-acid glycoprotein genetic variants, the A and F1*S forms.
著者: Nishi, K. / Ono, T. / Nakamura, T. / Fukunaga, N. / Izumi, M. / Watanabe, H. / Suenaga, A. / Maruyama, T. / Yamagata, Y. / Curry, S. / Otagiri, M.
履歴
登録2010年10月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年11月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-1-acid glycoprotein 2
B: Alpha-1-acid glycoprotein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9975
ポリマ－45,3832
非ポリマー6153
水1,72996
1
A: Alpha-1-acid glycoprotein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0293
ポリマ－22,6911
非ポリマー3372
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Alpha-1-acid glycoprotein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9692
ポリマ－22,6911
非ポリマー2771
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.650, 45.948, 120.732
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.14, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Alpha-1-acid glycoprotein 2 / AGP 2 / Orosomucoid-2 / OMD 2


分子量: 22691.287 Da / 分子数: 2 / 変異: C149R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AGP2, ORM2 / プラスミド: pET3c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B (DE3) / 参照: UniProt: P19652
#2: 化合物 ChemComp-TP0 / Amitriptyline / 3-(10,11-dihydro-5H-dibenzo[a,d][7]annulen-5-ylidene)-N,N-dimethylpropan-1-amine / アミトリプチリン


分子量: 277.403 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H23N / コメント: 抗うつ薬*YM
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 30% PEG 4000, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 20082 / Num. obs: 20082 / % possible obs: 98.8 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.524
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / Rmerge(I) obs: 0.177 / Mean I/σ(I) obs: 8.1 / % possible all: 93.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS精密化
REFMAC5.5.0099精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 3APU

3apu


解像度: 2.15→36.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 18.509 / SU ML: 0.217 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.318 / ESU R Free: 0.234 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26712 971 4.9 %RANDOM
Rwork0.21947 ---
obs0.22183 18955 98.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.721 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20 Å2-0.07 Å2
2--0.07 Å20 Å2
3----0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→36.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2869 0 46 96 3011
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222998
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4451.9594058
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8365341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.81624.146164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.48415506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.1881520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2415
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212344
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5821.51715
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.08622778
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.63531283
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6824.51280
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.416 59 -
Rwork0.264 1314 -
obs--93.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3834-0.10320.60061.50460.89959.1306-0.1102-0.16130.0054-0.0711-0.226-0.06180.4398-0.38140.33620.14830.04330.08950.1163-0.010.483111.773-0.32714.151
22.80861.34291.86354.00781.36648.37970.0724-0.55460.10630.1709-0.2833-0.0419-0.0732-0.9620.21090.0597-0.06720.10210.317-0.07050.242810.2013.12645.817
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 172
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 175

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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