PDB-3apn: Crystal structure of the human wild-type PAD4 protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3apn

タイトル

Crystal structure of the human wild-type PAD4 protein

要素

Protein-arginine deiminase type-4

キーワード

HYDROLASE / alpha/beta-propeller / immunoglobulin-like / arginine citrullination / protein-arginine deiminase / post-translational modification / Calcium binding / histone binding / benzoyl-L-arginine amide binding / nucleus

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H3R2 arginine deiminase activity / histone H3R8 arginine deiminase activity / histone H3R17 arginine deiminase activity / histone arginine deiminase activity / histone H3R26 arginine deiminase activity / protein-arginine deiminase / protein-arginine deiminase activity / stem cell population maintenance / Chromatin modifying enzymes / post-translational protein modification ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Horikoshi, N. / Tachiwana, H. / Saito, K. / Osakabe, A. / Sato, M. / Yamada, M. / Akashi, S. / Nishimura, Y. / Kagawa, W. / Kurumizaka, H.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011
タイトル: Structural and biochemical analyses of the human PAD4 variant encoded by a functional haplotype gene
著者: Horikoshi, N. / Tachiwana, H. / Saito, K. / Osakabe, A. / Sato, M. / Yamada, M. / Akashi, S. / Nishimura, Y. / Kagawa, W. / Kurumizaka, H.

履歴

登録	2010年10月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年1月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2012年4月11日	Group: Database references
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3apn.cif.gz	123.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3apn.ent.gz	94.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3apn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3apn_validation.pdf.gz	430.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3apn_full_validation.pdf.gz	461.1 KB	表示
XML形式データ	3apn_validation.xml.gz	24.4 KB	表示
CIF形式データ	3apn_validation.cif.gz	32.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/3apn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/3apn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3apmC 1wd8S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1wd8-1 1wd9-1 3apm-1 1wda-1 4dkt-1 3b1t-1 2dw5-1 5n1b-1 2dex-1 3b1u-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein-arginine deiminase type-4

74.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein-arginine deiminase type-4

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
149 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	145.254, 61.064, 113.569
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 123.74, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Protein-arginine deiminase type-4 / PAD4 / HL-60 PAD / Peptidylarginine deiminase IV / Protein-arginine deiminase type IV 分子量: 74473.359 Da / 分子数: 1 / 変異: G55S, V82A, G112A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PADI4, PADI5, PDI5 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UM07, protein-arginine deiminase

#1: タンパク質

Protein-arginine deiminase type-4 / PAD4 / HL-60 PAD / Peptidylarginine deiminase IV / Protein-arginine deiminase type IV

分子量: 74473.359 Da / 分子数: 1 / 変異: G55S, V82A, G112A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PADI4, PADI5, PDI5 / プラスミド: pET15b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UM07, protein-arginine deiminase

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.26 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: imidazole, lithium sulfate, PEG 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月25日

放射

モノクロメーター: Rotated-inclined double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 23035 / Num. obs: 22962 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 82.1 Å² / R_sym value: 0.065 / Net I/σ(I): 13.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	R_sym value	Diffraction-ID	% possible all
2.7-2.75	3.8	2.3	1137	0.751	1	100
2.75-2.8	3.8	2.9	1154	0.604	1	100
2.8-2.85	3.8	3.8	1135	0.467	1	100
2.85-2.91	3.8	4.2	1157	0.431	1	100
2.91-2.97	3.8	5.3	1109	0.335	1	100
2.97-3.04	3.8	6.3	1163	0.276	1	100
3.04-3.12	3.8	8.6	1135	0.206	1	100
3.12-3.2	3.8	9.5	1139	0.184	1	100
3.2-3.3	3.8	12.6	1153	0.137	1	100
3.3-3.4	3.8	16.2	1143	0.108	1	100
3.4-3.52	3.8	20.8	1136	0.085	1	100
3.52-3.66	3.8	25.4	1156	0.069	1	100
3.66-3.83	3.8	30.7	1142	0.055	1	100
3.83-4.03	3.8	35.4	1159	0.051	1	100
4.03-4.29	3.8	40	1135	0.053	1	100
4.29-4.62	3.7	42.9	1165	0.05	1	100
4.62-5.08	3.6	43.6	1159	0.052	1	99.8
5.08-5.81	3.6	45.5	1157	0.055	1	100
5.81-7.32	3.7	47.7	1184	0.039	1	99.9
7.32-50	3.5	49.6	1144	0.031	1	94.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BSS		データ収集
PHASER		位相決定
CNS	1.21	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1WD8

1wd8

解像度: 2.7→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.293	1179	5.1 %	RANDOM
R_work	0.246	-	-	-
obs	0.247	22922	99.6 %	-
all	-	23013	-	-

溶媒の処理

B_sol: 49.9138 Å²

原子変位パラメータ

B_iso mean: 77.6613 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.632 Å²	0 Å²	-7.149 Å²
2-	-	28.358 Å²	0 Å²
3-	-	-	-21.726 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.48 Å	0.42 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.68 Å	0.57 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4407	0	0	0	4407

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.009
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d	1.542
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	26.2
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	1.15
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.485	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	1.741	2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.618	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	2.741	2.5

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Refine-ID	Num. reflection obs	Total num. of bins used
2.7-2.8	0.38	110	0.388	X-RAY DIFFRACTION	2144	10
2.8-2.91	0.375	103	0.346	X-RAY DIFFRACTION	2193	10
2.91-3.04	0.35	113	0.319	X-RAY DIFFRACTION	2159	10
3.04-3.2	0.326	121	0.317	X-RAY DIFFRACTION	2150	10
3.2-3.4	0.331	129	0.295	X-RAY DIFFRACTION	2162	10
3.4-3.66	0.323	117	0.279	X-RAY DIFFRACTION	2176	10
3.66-4.03	0.274	131	0.24	X-RAY DIFFRACTION	2173	10
4.03-4.61	0.234	113	0.193	X-RAY DIFFRACTION	2185	10
4.61-5.8	0.271	117	0.207	X-RAY DIFFRACTION	2195	10
5.8-30	0.28	125	0.226	X-RAY DIFFRACTION	2206	10

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param	protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	dna-rna_rep.param	dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION	3	water_rep.param	water.top
X-RAY DIFFRACTION	4	ion.param	ion.top
X-RAY DIFFRACTION	5	cis_peptide.param

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)