PDB-3aog: Crystal structure of glutamate dehydrogenase (GdhB) from Thermus ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3aog

タイトル

Crystal structure of glutamate dehydrogenase (GdhB) from Thermus thermophilus (Glu bound form)

要素

Glutamate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / glutamate dehydrogenase / dehydrogenase / NAD(H)

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamate dehydrogenase (NAD+) activity / glutamate catabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Tomita, T. / Kuzuyama, T. / Nishiyama, M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: An unique allosteric regulation revealed by crystal structure of hetero-hexameric glutamate dehydrogenase from Thermus thermophilus
著者: Tomita, T. / Kuzuyama, T. / Nishiyama, M.

履歴

登録	2010年9月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3aog.cif.gz	1.9 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3aog.ent.gz	1.6 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3aog.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3aog_validation.pdf.gz	606.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3aog_full_validation.pdf.gz	723.4 KB	表示
XML形式データ	3aog_validation.xml.gz	198.5 KB	表示
CIF形式データ	3aog_validation.cif.gz	272.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/3aog ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/3aog	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2tmg-d 1gtm-1 5xvi-d 1v9l-d 3k92-d 1b3b-d 5xvv-d 2yfq-1 1bvu-d 2yfh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutamate dehydrogenase

B: Glutamate dehydrogenase

C: Glutamate dehydrogenase

D: Glutamate dehydrogenase

E: Glutamate dehydrogenase

F: Glutamate dehydrogenase

G: Glutamate dehydrogenase

H: Glutamate dehydrogenase

I: Glutamate dehydrogenase

J: Glutamate dehydrogenase

K: Glutamate dehydrogenase

L: Glutamate dehydrogenase

ヘテロ分子

580 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutamate dehydrogenase

B: Glutamate dehydrogenase

C: Glutamate dehydrogenase

D: Glutamate dehydrogenase

E: Glutamate dehydrogenase

F: Glutamate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
290 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: Glutamate dehydrogenase

H: Glutamate dehydrogenase

I: Glutamate dehydrogenase

J: Glutamate dehydrogenase

K: Glutamate dehydrogenase

L: Glutamate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
290 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	99.733, 106.546, 166.810
Angle α, β, γ (deg.)	82.83, 87.18, 70.60
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Glutamate dehydrogenase 分子量: 47988.352 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア) 株: HB27 / 遺伝子: TT_C1211 / プラスミド: pETD1-gdhB, pET Duet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL Codon Plus / 参照: UniProt: Q72IC1, glutamate dehydrogenase [NAD(P)+]
#2: 化合物	... ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム分子量: 18.038 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₄N
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1811 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.04 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M HEPES-NaOH (pH7.0) 0.6M ammonium phosphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月5日
放射	モノクロメーター: Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→49.77 Å / Num. all: 373553 / Num. obs: 373553 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0.9 / Observed criterion σ(I): 0.9
反射シェル	解像度: 2.1→2.16 Å / % possible all: 81.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0110	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→49.77 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 15.458 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.237 / ESU R Free: 0.208 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27663	17984	5 %	RANDOM
R_work	0.22588	-	-	-
all	0.227	373553	-	-
obs	0.22845	339693	95.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.099 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	-0.06 Å²	0.04 Å²
2-	-	0.03 Å²	-0.01 Å²
3-	-	-	0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→49.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	38783	0	290	1811	40884

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	40002
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.411	1.964	54450
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.877	5	5048
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.833	22.704	1816
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.403	15	6214
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.579	15	411
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	5953
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	31169
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.648	1.5	25147
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.154	2	40307
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.752	3	14855
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.862	4.5	14136
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.102→2.156 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.362	1086	-
R_work	0.318	21169	-
obs	-	-	80.33 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0296	-0.0077	-0.0258	0.3971	0.2455	0.2596	0.0215	-0.0233	0.0222	-0.1424	-0.0054	-0.0292	-0.0467	-0.038	-0.0161	0.1126	-0.0789	0.0473	0.2361	0.007	0.2222	-11.9837	18.9892	7.5919
2	0.1998	-0.2783	-0.0945	0.6124	-0.0473	0.2126	-0.0239	0.023	-0.0182	0.0498	0.0753	0.0155	-0.017	-0.0891	-0.0514	0.0403	-0.0399	0.0352	0.2159	0.0286	0.204	-37.0826	45.2522	40.315
3	0.4321	-0.1603	-0.2586	0.1014	0.0346	0.2847	-0.0782	-0.0538	-0.0007	0.0344	0.05	-0.0279	0.069	-0.0658	0.0281	0.0326	-0.0306	-0.0118	0.1651	-0.0233	0.1846	23.5593	15.6373	34.0357
4	0.2641	-0.3262	-0.0766	0.4263	0.063	0.9799	-0.0894	-0.0296	0.1076	0.087	0.0924	-0.1589	-0.2099	0.0396	-0.003	0.1629	-0.0499	-0.0642	0.1818	-0.0827	0.2687	2.6156	51.5948	59.2169
5	0.3389	-0.3665	-0.0367	0.5805	0.2469	0.3108	-0.0807	-0.0289	0.0388	0.1336	0.074	0.0484	0.0815	0.0442	0.0067	0.1228	-0.0388	0.047	0.2007	0.0319	0.1739	-10.618	-11.782	39.4112
6	0.3749	0.0875	-0.1231	0.1338	0.1316	0.3812	-0.0079	-0.049	0.0369	0.1088	0.0102	0.0134	0.0653	-0.0046	-0.0023	0.1998	0.0158	0.0269	0.2597	-0.0138	0.1403	-24.8909	19.8187	74.2272
7	0.2322	-0.0856	-0.2097	0.1965	0.2394	0.363	-0.0084	-0.0733	0.0321	0.008	0.0402	-0.0351	0.0521	0.0398	-0.0318	0.1392	-0.0441	0.0241	0.2461	-0.0062	0.1975	10.9905	-20.1256	-9.1811
8	0.0312	-0.0572	-0.0394	0.5444	0.1191	0.306	0.0824	0.0029	0.0263	-0.0967	-0.0501	-0.1028	-0.1123	-0.0469	-0.0323	0.2248	-0.0266	0.0854	0.1256	0.0118	0.2452	17.9277	10.3063	-40.9516
9	0.1901	-0.2899	-0.082	0.4666	0.1196	0.1079	0.0197	-0.0001	-0.072	-0.0457	-0.0417	0.0685	-0.063	-0.03	0.022	0.18	-0.0048	-0.0276	0.2243	-0.0129	0.2005	-21.5274	-9.3745	-37.1607
10	0.2357	-0.0575	0.0602	0.515	0.258	0.166	0.0755	-0.0029	-0.0125	0.0433	-0.0149	-0.0722	0.0655	-0.0134	-0.0606	0.2014	-0.0133	-0.0089	0.1799	0.0124	0.1992	19.1526	-57.7066	-39.8697
11	0.5426	-0.2249	0.3181	0.6391	0.2204	0.4278	0.2492	0.1174	-0.0597	-0.2781	-0.2135	0.0333	-0.0027	-0.0102	-0.0357	0.3704	0.1229	-0.0728	0.2074	-0.0531	0.1035	-4.6351	-38.4602	-72.0349
12	0.2653	-0.0077	-0.0462	0.1043	0.0599	0.6869	0.0767	-0.0179	0.0227	-0.1294	-0.0509	-0.1172	0.0206	0.0459	-0.0259	0.2453	0.026	0.1296	0.1237	0.0188	0.2289	37.3543	-27.1362	-65.7867

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 424
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	4 - 424
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	4 - 424
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	4 - 424
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	4 - 424
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	4 - 424
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	4 - 424
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	4 - 424
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	4 - 424
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	4 - 424
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	4 - 424
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	4 - 424

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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