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- PDB-3aof: Crystal structures of Thermotoga maritima Cel5A in complex with M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3aof
タイトルCrystal structures of Thermotoga maritima Cel5A in complex with Mannotriose substrate
要素Endoglucanase
キーワードHYDROLASE / glycosyl hydrolase family 5 / cellulase / biofuel / hyperthermostable
機能・相同性
機能・相同性情報


glucan exo-1,3-beta-glucosidase activity / glucan catabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.288 Å
データ登録者Wu, T.H. / Huang, C.H. / Ko, T.P. / Lai, H.L. / Ma, Y. / Cheng, Y.S. / Liu, J.R. / Guo, R.T.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2011
タイトル: Diverse substrate recognition mechanism revealed by Thermotoga maritima Cel5A structures in complex with cellotetraose, cellobiose and mannotriose
著者: Wu, T.H. / Huang, C.H. / Ko, T.P. / Lai, H.L. / Ma, Y. / Chen, C.C. / Cheng, Y.S. / Liu, J.R. / Guo, R.T.
履歴
登録2010年9月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月5日Group: Database references / Derived calculations
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoglucanase
B: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,1193
ポリマ－74,6152
非ポリマー5041
水16,286904
1
A: Endoglucanase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3071
ポリマ－37,3071
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8122
ポリマ－37,3071
非ポリマー5041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.696, 77.946, 62.959
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.16, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Endoglucanase


分子量: 37307.434 Da / 分子数: 2 / 変異: E136A, W283L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: MSB8 / 遺伝子: TM_1751 / プラスミド: pET32 Xa/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9X273, cellulase
#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DManpb1-4DManpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a1122h-1b_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Manp]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 904 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.87 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M tris pH8.5, 0.4M NaCl, 28% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.288→25 Å / Num. obs: 147549 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Rsym value: 0.039 / Net I/σ(I): 43.3
反射 シェル解像度: 1.29→1.34 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / Num. unique all: 14486 / Rsym value: 0.329 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.3_473)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.288→24.373 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1883 7410 5.02 %
Rwork0.1724 --
obs0.1732 147539 97.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.585 Å2 / ksol: 0.402 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.551 Å20 Å20.2816 Å2
2--0.7452 Å2-0 Å2
3---0.8059 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.288→24.373 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5170 0 34 904 6108
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045364
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0067259
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.9092018
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072741
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005916
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2875-1.30220.26472510.23174316X-RAY DIFFRACTION90
1.3022-1.31750.23832170.21994575X-RAY DIFFRACTION96
1.3175-1.33360.23672500.21134614X-RAY DIFFRACTION96
1.3336-1.35040.22842440.19944528X-RAY DIFFRACTION96
1.3504-1.36820.20072530.19414684X-RAY DIFFRACTION96
1.3682-1.38690.23812460.19384529X-RAY DIFFRACTION96
1.3869-1.40680.22172350.18984637X-RAY DIFFRACTION97
1.4068-1.42780.20492680.18444601X-RAY DIFFRACTION97
1.4278-1.45010.20462550.18334617X-RAY DIFFRACTION97
1.4501-1.47380.18812490.17734635X-RAY DIFFRACTION97
1.4738-1.49920.20162470.16894650X-RAY DIFFRACTION97
1.4992-1.52650.20112470.16934609X-RAY DIFFRACTION97
1.5265-1.55590.19132310.16354668X-RAY DIFFRACTION97
1.5559-1.58760.20142120.16244739X-RAY DIFFRACTION97
1.5876-1.62210.17562450.15784655X-RAY DIFFRACTION98
1.6221-1.65980.17492590.15874658X-RAY DIFFRACTION98
1.6598-1.70130.1692590.16134732X-RAY DIFFRACTION98
1.7013-1.74730.17992390.16694687X-RAY DIFFRACTION98
1.7473-1.79870.18992530.16694709X-RAY DIFFRACTION98
1.7987-1.85680.18912380.1674722X-RAY DIFFRACTION98
1.8568-1.92310.19922660.16894687X-RAY DIFFRACTION99
1.9231-2.00010.1722200.17084771X-RAY DIFFRACTION98
2.0001-2.09110.18942510.16934751X-RAY DIFFRACTION99
2.0911-2.20120.18953140.16974664X-RAY DIFFRACTION99
2.2012-2.3390.16192130.1674839X-RAY DIFFRACTION99
2.339-2.51950.17732540.17154771X-RAY DIFFRACTION99
2.5195-2.77270.20582580.18014790X-RAY DIFFRACTION99
2.7727-3.17320.18552370.17564750X-RAY DIFFRACTION99
3.1732-3.9950.16572510.16234827X-RAY DIFFRACTION99
3.995-24.3770.18732480.17194714X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.9296 Å / Origin y: -9.1647 Å / Origin z: -14.1257 Å
111213212223313233
T0.0533 Å2-0.0067 Å20.0123 Å2-0.0442 Å20.0004 Å2--0.0449 Å2
L0.4655 °2-0.0541 °20.2717 °2-0.1484 °2-0.0488 °2--0.3121 °2
S-0.0058 Å °0.05 Å °0.0079 Å °0.0048 Å °0.0057 Å °-0.0247 Å °-0.0094 Å °0.0241 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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