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- PDB-3alx: Crystal structure of the measles virus hemagglutinin bound to its... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3alx
タイトルCrystal structure of the measles virus hemagglutinin bound to its cellular receptor SLAM (MV-H(L482R)-SLAM(N102H/R108Y) fusion)
要素Hemagglutinin,LINKER,CDw150
キーワードViral Protein/membrane protein / viral protein-receptor complex / six-bladed beta-propeller fold / Immunoglobulin fold / beta-sandwich / Viral Protein-membrane protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


lymphocyte activation / signaling receptor activity / host cell surface receptor binding / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / cell surface / membrane
類似検索 - 分子機能
Signaling lymphocytic activation molecule, N-terminal / Signaling lymphocytic activation molecule (SLAM) protein / : / : / Haemagglutinin/haemagglutinin-neuraminidase, paramyxovirus / Haemagglutinin-neuraminidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase ...Signaling lymphocytic activation molecule, N-terminal / Signaling lymphocytic activation molecule (SLAM) protein / : / : / Haemagglutinin/haemagglutinin-neuraminidase, paramyxovirus / Haemagglutinin-neuraminidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin glycoprotein / CDw150
類似検索 - 構成要素
生物種Measles morbillivirus (ウイルス)
synthetic construct (人工物)
Saguinus oedipus (ワタボウシタマリン)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Hashiguchi, T. / Ose, T. / Kubota, M. / Maita, N. / Kamishikiryo, J. / Maenaka, K. / Yanagi, Y.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structure of the measles virus hemagglutinin bound to its cellular receptor SLAM
著者: Hashiguchi, T. / Ose, T. / Kubota, M. / Maita, N. / Kamishikiryo, J. / Maenaka, K. / Yanagi, Y.
履歴
登録2010年8月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年6月21日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_entry_details / struct / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment ..._entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment / _entity.pdbx_mutation / _entity_name_com.name / _struct.pdbx_descriptor / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin,LINKER,CDw150
B: Hemagglutinin,LINKER,CDw150
C: Hemagglutinin,LINKER,CDw150
D: Hemagglutinin,LINKER,CDw150
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,81910
ポリマ－248,4914
非ポリマー1,3276
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8000 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area86300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)187.713, 170.074, 110.681
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.28, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Hemagglutinin,LINKER,CDw150 / Signaling lymphocytic activation molecule 1


分子量: 62122.855 Da / 分子数: 4
断片: Hemagglutinin head domain,CD150 V domain, UNP reisudes 30-140
変異: L482R(MV-H)/N102H, R108Y(SLAM),L482R(MV-H)/N102H, R108Y(SLAM)
由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MV-H/SLAM fusion protein
由来: (組換発現) Measles morbillivirus (ウイルス), (組換発現) synthetic construct (人工物), (組換発現) Saguinus oedipus (ワタボウシタマリン)
プラスミド: pCA7 / 遺伝子: CDw150 / 細胞株 (発現宿主): HEK293SGnTI(-) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: E2RZS2, UniProt: Q9GJT3
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, floating drop / pH: 8.3
詳細: 0.1M imidazole pH8.3, 0.5M (NH4)2SO4, 0.7M Li2SO4, 0.05M Li(AcO)2, 1% ethylene glycol, vapor diffusion, floating drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→50 Å / Num. all: 55721 / Num. obs: 52457 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 66.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 3.15→3.26 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.496 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 5246 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
CNS1.3精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ZB6

2zb6


解像度: 3.15→19.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 4656519.52 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.292 2644 5 %RANDOM
Rwork0.231 ---
obs0.231 52452 99.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.5979 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 70.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.65 Å20 Å2-18.01 Å2
2---2.36 Å20 Å2
3----12.29 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.52 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.67 Å0.53 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→19.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16229 0 84 0 16313
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.96
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.15→3.35 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 404 4.8 %
Rwork0.305 7967 -
obs--94.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.paramcarbohydrate.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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