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- PDB-3alz: Crystal structure of the measles virus hemagglutinin bound to its... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3alz
タイトルCrystal structure of the measles virus hemagglutinin bound to its cellular receptor SLAM (Form I)
要素
  • CDw150
  • Hemagglutinin
キーワードviral protein/membrane protein / viral protein-receptor complex / six-bladed beta-propeller fold / Immunoglobulin fold / beta-sandwich / viral protein-membrane protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


lymphocyte activation / signaling receptor activity / host cell surface receptor binding / receptor ligand activity / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / cell surface ...lymphocyte activation / signaling receptor activity / host cell surface receptor binding / receptor ligand activity / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / cell surface / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Signaling lymphocytic activation molecule, N-terminal / Signaling lymphocytic activation molecule (SLAM) protein / : / : / Haemagglutinin/haemagglutinin-neuraminidase, paramyxovirus / Haemagglutinin-neuraminidase / Sialidase superfamily / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin glycoprotein / Hemagglutinin glycoprotein / CDw150
類似検索 - 構成要素
生物種Measles virus (ウイルス)
Saguinus oedipus (ワタボウシタマリン)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.515 Å
データ登録者Hashiguchi, T. / Ose, T. / Kubota, M. / Maita, N. / Kamishikiryo, J. / Maenaka, K. / Yanagi, Y.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structure of the measles virus hemagglutinin bound to its cellular receptor SLAM
著者: Hashiguchi, T. / Ose, T. / Kubota, M. / Maita, N. / Kamishikiryo, J. / Maenaka, K. / Yanagi, Y.
履歴
登録2010年8月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: CDw150
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1124
ポリマ－70,6702
非ポリマー4422
水00
1
A: Hemagglutinin
B: CDw150
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin
B: CDw150
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin
B: CDw150
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin
B: CDw150
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)284,44816
ポリマ－282,6788
非ポリマー1,7708
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
crystal symmetry operation11_454-x+y-1,y,-z-1/21
crystal symmetry operation12_564x,x-y+1,-z-1/21
2
A: Hemagglutinin
B: CDw150
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)426,67224
ポリマ－424,01812
非ポリマー2,65412
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
crystal symmetry operation10_554-y,-x,-z-1/21
crystal symmetry operation11_454-x+y-1,y,-z-1/21
crystal symmetry operation12_564x,x-y+1,-z-1/21
Buried area26750 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area133100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)208.119, 208.119, 182.127
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 53423.656 Da / 分子数: 1 / 断片: head domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Measles virus (ウイルス) / 株: Edmonston B / 遺伝子: Hemagglutinin / プラスミド: pCA7 / 細胞株 (発現宿主): HEK293SGnTI(-) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: E2RZS2, UniProt: P08362*PLUS
#2: タンパク質 CDw150 / CD150 / Signaling lymphocytic activation molecule 1


分子量: 17245.938 Da / 分子数: 1 / 断片: V domain, residues 1-140 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saguinus oedipus (ワタボウシタマリン)
株: B95a / 遺伝子: SLAM (CD150) / プラスミド: pCA7 / 細胞株 (発現宿主): HEK293SGnTI(-) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9GJT3
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 8.055825 Å3/Da / 溶媒含有率: 84.731544 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES pH6.5, 0.75M Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.5→30.04 Å / Num. obs: 14397 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15.5 % / Biso Wilson estimate: 154.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 4.5→4.66 Å / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.592 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique all: 1396 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ZB6

2zb6


解像度: 4.515→30.039 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7401 / SU ML: 0.72 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.44 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: DUE TO LOW RESOLUTION, THE REFINEMENT PROTOCOL WAS LIMITED TO THE FOLLOWING THREE STEPS AFTER MOLECULAR REPLACEMENT. 1. RIGID BODY REFINEMENT OF INDIVIDUAL DOMAINS 2. TLS REFINEMENT OF ...詳細: DUE TO LOW RESOLUTION, THE REFINEMENT PROTOCOL WAS LIMITED TO THE FOLLOWING THREE STEPS AFTER MOLECULAR REPLACEMENT. 1. RIGID BODY REFINEMENT OF INDIVIDUAL DOMAINS 2. TLS REFINEMENT OF SELECTED PORTIONS 3. STRUCTURE REGULARIZATION TO AVOID MINOR CLASHES. WE PERFORMED NO INDIVIDUAL ATOM REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3376 710 5.03 %
Rwork0.3258 13405 -
obs0.3263 14115 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 199.342 Å2 / ksol: 0.301 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 712.58 Å2 / Biso mean: 271.8932 Å2 / Biso min: 128.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.5731 Å20 Å2-0 Å2
2--1.5731 Å2-0 Å2
3----3.1463 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.76 Å0.6 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1.85 Å1.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.515→30.039 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4135 0 28 0 4163
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094271
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5665794
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2261578
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.104654
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009730
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.5151-4.86240.36221650.34882585X-RAY DIFFRACTION99
4.8624-5.34920.30751310.31872624X-RAY DIFFRACTION100
5.3492-6.11760.35791410.30022657X-RAY DIFFRACTION100
6.1176-7.68610.35631550.35382672X-RAY DIFFRACTION100
7.6861-30.040.32081180.31882867X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.62881.93690.63350.9423-0.3574.6579-0.2926-0.2635-0.94470.0441-0.2081-0.50091.13610.0790.42871.78120.09520.10171.00160.19311.4349-88.737134.5001-26.2282
20.2274-0.82130.18431.48480.18980.21620.66940.05940.55780.27660.6039-0.94820.49260.9686-0.71924.1535-0.3229-0.28411.60210.52382.0563-98.59879.5704-5.0062
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA188 - 901
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB32 - 140

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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