PDB-2vmk: Crystal Structure of E. coli RNase E Apoprotein - Catalytic Domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vmk

タイトル

Crystal Structure of E. coli RNase E Apoprotein - Catalytic Domain

要素

RIBONUCLEASE E

キーワード

HYDROLASE / NUCLEASE / CYTOPLASM / RNA-BINDING / RNA TURNOVER / ENDONUCLEASE / RNA PROCESSING

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of RNA helicase activity / rRNA 5'-end processing / ribonuclease E / ribonuclease E activity / bacterial degradosome / endoribonuclease complex / DEAD/H-box RNA helicase binding / 7S RNA binding / RNA catabolic process / tRNA processing ...
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Koslover, D.J. / Callaghan, A.J. / Marcaida, M.J. / Martick, M. / Scott, W.G. / Luisi, B.F.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: The Crystal Structure of the Escherichia Coli Rnase E Apoprotein and a Mechanism for RNA Degradation.
著者: Koslover, D.J. / Callaghan, A.J. / Marcaida, M.J. / Garman, E.F. / Martick, M. / Scott, W.G. / Luisi, B.F.

履歴

登録	2008年1月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vmk.cif.gz	365.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vmk.ent.gz	291.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vmk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/2vmk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/2vmk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2vrtC 2bx2S 1slj 1smx 1sn8 2c0b 2c4r 2fym S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6bzf-d 5mde-d 1yvl-4 6hwy-d 5k31-d 3alz-1 5md3-d 5md7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (4) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (3) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (3)

登録構造単位

A: RIBONUCLEASE E

B: RIBONUCLEASE E

C: RIBONUCLEASE E

D: RIBONUCLEASE E

ヘテロ分子

232 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.241, 75.571, 109.370
Angle α, β, γ (deg.)	94.95, 102.03, 91.77
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
1	2	A
2	2	B
3	2	C
4	2	D
1	3	A
2	3	B
3	3	C
4	3	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	1 - 212
2	1	1	1	B	1 - 212
3	1	1	1	C	1 - 212
4	1	1	1	D	1 - 212
1	1	2	1	A	213 - 400
2	1	2	1	B	213 - 400
3	1	2	1	C	213 - 400
4	1	2	1	D	213 - 400
1	1	3	1	A	420 - 500
2	1	3	1	B	420 - 500
3	1	3	1	C	420 - 500
4	1	3	1	D	420 - 500

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	RIBONUCLEASE E / RNASE E 分子量: 57908.789 Da / 分子数: 4 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1-515 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PET16B VARIANT / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P21513, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.2 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8.5 / 詳細: pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.28
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.28 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.22→50 Å / Num. obs: 34917 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 11.1
反射シェル	解像度: 3.22→3.34 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 67.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
MOLREP		位相決定
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BX2

2bx2

解像度: 3.3→47.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.901 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.878 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.666 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.293	1664	5 %	RANDOM
R_work	0.267	-	-	-
obs	0.268	31611	96.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 99.52 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.55 Å²	-6.28 Å²	-1.94 Å²
2-	-	-1.95 Å²	0.41 Å²
3-	-	-	-3.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.3→47.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14170	0	17	0	14187

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.025	0.021	14394
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.95	1.97	19588
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.595	5	1903
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.638	23.536	577
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.652	15	2208
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.194	15	114
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	2354
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.021	0.02	10830
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.26	0.3	6329
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.318	0.3	9867
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.208	0.5	792
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.557	0.3	87
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.518	0.5	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.204	2	9605
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6	3	15221
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.708	2	4789
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.42	3	4367
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1138	tight positional	0.36	0.03
1	2	B	1138	tight positional	0.3	0.03
1	3	C	1138	tight positional	0.32	0.03
1	4	D	1138	tight positional	0.26	0.03
2	1	A	1231	tight positional	0.32	0.03
2	2	B	1231	tight positional	0.24	0.03
2	3	C	1231	tight positional	0.44	0.03
2	4	D	1231	tight positional	0.18	0.03
3	1	A	588	tight positional	0.15	0.03
3	2	B	588	tight positional	0.21	0.03
3	3	C	588	tight positional	0.13	0.03
3	4	D	588	tight positional	0.13	0.03
1	1	A	1138	tight thermal	1.79	0.2
1	2	B	1138	tight thermal	2.08	0.2
1	3	C	1138	tight thermal	2.28	0.2
1	4	D	1138	tight thermal	4.28	0.2
2	1	A	1231	tight thermal	1.75	0.2
2	2	B	1231	tight thermal	1.32	0.2
2	3	C	1231	tight thermal	2.04	0.2
2	4	D	1231	tight thermal	2.22	0.2
3	1	A	588	tight thermal	2.04	0.2
3	2	B	588	tight thermal	1.79	0.2
3	3	C	588	tight thermal	0.51	0.2
3	4	D	588	tight thermal	0.53	0.2

LS精密化シェル

解像度: 3.3→3.38 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.355	132
R_work	0.346	2194

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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