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- PDB-3al6: Crystal structure of Human TYW5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3al6
タイトルCrystal structure of Human TYW5
要素JmjC domain-containing protein C2orf60
キーワードUNKNOWN FUNCTION / tRNA modification enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNAPhe (7-(3-amino-3-carboxypropyl)wyosine37-C2)-hydroxylase / tRNA(Phe) (7-(3-amino-3-carboxypropyl)wyosine37-C2)-hydroxylase activity / Synthesis of wybutosine at G37 of tRNA(Phe) / wybutosine biosynthetic process / tRNA binding / iron ion binding / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1470 / Cupin-like domain 8 / Cupin-like domain / Helix Hairpins / Cupin / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Helix non-globular / Special ...Helix Hairpins - #1470 / Cupin-like domain 8 / Cupin-like domain / Helix Hairpins / Cupin / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Helix non-globular / Special / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / NICKEL (II) ION / tRNA wybutosine-synthesizing protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kato, M. / Araiso, Y. / Ishitani, R. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of a novel JmjC-domain-containing protein, TYW5, involved in tRNA modification.
著者: Kato, M. / Araiso, Y. / Noma, A. / Nagao, A. / Suzuki, T. / Ishitani, R. / Nureki, O.
履歴
登録2010年7月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年8月7日Group: Database references
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: JmjC domain-containing protein C2orf60
B: JmjC domain-containing protein C2orf60
C: JmjC domain-containing protein C2orf60
D: JmjC domain-containing protein C2orf60
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,15810
ポリマ－156,6314
非ポリマー5276
水00
1
A: JmjC domain-containing protein C2orf60
B: JmjC domain-containing protein C2orf60
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,5795
ポリマ－78,3152
非ポリマー2633
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4730 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area26250 Å2
手法PISA
2
C: JmjC domain-containing protein C2orf60
D: JmjC domain-containing protein C2orf60
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,5795
ポリマ－78,3152
非ポリマー2633
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4840 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area26650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)165.871, 165.871, 105.951
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21C
12D
22A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNchain B and resid 4:311 and (name C or name N or name O or name CA)BB4 - 31127 - 334
21LEULEUchain C and resid 6:311 and (name C or name N or name O or name CA)CC6 - 31129 - 334
12GLNGLNchain D and resid 4:311 and (name C or name N or name O or name CA)DD4 - 31127 - 334
22HISHISchain A and resid 5:311 and (name C or name N or name O or name CA)AA5 - 31128 - 334

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
JmjC domain-containing protein C2orf60 / hTYW5


分子量: 39157.641 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C2orf60 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: A2RUC4
#2: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.13 % / Mosaicity: 0.419 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 200mM potassium thiocyanate, 10% (w/v) PEG3350, pH 8.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1.48505 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月19日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.48505 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 36950 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 19 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Χ2: 2.651 / Net I/σ(I): 56.444
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.8-2.855.70.4817760.84198.1
2.85-2.970.45918060.811199.1
2.9-2.969.10.43518160.897199.8
2.96-3.0212.10.41618260.9311100
3.02-3.0814.70.39218230.9611100
3.08-3.1516.30.34118061.0721100
3.15-3.2317.40.30718461.1991100
3.23-3.3218.50.26818391.3431100
3.32-3.4219.80.21518341.558199.9
3.42-3.5321.40.19618301.9891100
3.53-3.65220.14718392.081199.9
3.65-3.822.60.13718442.415199.9
3.8-3.97230.11118312.737199.9
3.97-4.1824.10.08718543.0331100
4.18-4.4424.70.07518653.364199.9
4.44-4.79250.06418663.711199.9
4.79-5.2725.30.06318683.8471100
5.27-6.0324.50.06618944.255199.9
6.03-7.5924.20.06219334.353199.9
7.59-50220.0519544.123195.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.6_289精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→49.017 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.37 / σ(F): 0.15 / 位相誤差: 29.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2954 1840 5 %RANDOM
Rwork0.2399 ---
obs0.2427 36782 99.62 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 69.555 Å2 / ksol: 0.313 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 194.21 Å2 / Biso mean: 86.8914 Å2 / Biso min: 36.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.9379 Å20 Å2-0 Å2
2--2.9379 Å20 Å2
3----5.8757 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→49.017 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9013 0 24 0 9037
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.019267
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3612643
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.0923130
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0861408
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061644
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11B1092X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12C1092X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.673
21D1196X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22A1196X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.526
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.8-2.87570.37041370.3344259998
2.8757-2.96030.3761390.30342649100
2.9603-3.05580.35231390.28352641100
3.0558-3.1650.30011410.27182678100
3.165-3.29170.33371400.24332656100
3.2917-3.44150.28061400.23852667100
3.4415-3.62290.30021410.22342677100
3.6229-3.84980.28451420.23242688100
3.8498-4.14690.29661400.22142686100
4.1469-4.5640.25511430.20942702100
4.564-5.22370.25411430.20182716100
5.2237-6.57890.29911460.24052766100
6.5789-49.02490.30061490.2414281797

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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