[日本語] English
万見
- PDB-3ajf: Structural insigths into dsRNA binding and RNA silencing suppress... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ajf
タイトルStructural insigths into dsRNA binding and RNA silencing suppression by NS3 protein of rice hoja blanca tenuivirus
要素Non-structural protein 3
キーワードVIRAL PROTEIN / RNA silencing suppression / negative strand RNA virus
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Tenuivirus movement protein / Tenuivirus movement protein / Tenuivirus NS3 / Tenuivirus movement protein / de novo design (two linked rop proteins) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Suppressor of RNA silencing p3
類似検索 - 構成要素
生物種Rice hoja blanca virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Yuan, Y.A.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2011
タイトル: Structural implications into dsRNA binding and RNA silencing suppression by NS3 protein of Rice Hoja Blanca Tenuivirus
著者: Yang, X. / Tan, S.H. / Teh, Y.J. / Yuan, Y.A.
履歴
登録2010年6月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年1月29日Group: Database references
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Non-structural protein 3
B: Non-structural protein 3
C: Non-structural protein 3
D: Non-structural protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,51112
ポリマ－44,7424
非ポリマー7698
水2,432135
1
A: Non-structural protein 3
D: Non-structural protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7556
ポリマ－22,3712
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2020 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area10510 Å2
手法PISA
2
B: Non-structural protein 3
C: Non-structural protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7556
ポリマ－22,3712
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2010 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area10570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.690, 79.690, 122.087
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-126-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Non-structural protein 3


分子量: 11185.555 Da / 分子数: 4 / 断片: helix domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rice hoja blanca virus (ウイルス)
株: cr / 遺伝子: NS3 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q67897
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Sulfate, MPD, cacodylate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月10日
放射モノクロメーター: 180 degree / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 25361 / Num. obs: 25361 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.109
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.429 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→34.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 8.052 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.185 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25474 1349 5.1 %RANDOM
Rwork0.21232 ---
all0.214 25361 --
obs0.2144 25361 98.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.881 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.56 Å20 Å20 Å2
2---0.56 Å20 Å2
3---1.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→34.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2998 0 40 135 3173
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0223122
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5342.0054248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4625359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.32123.529136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.02415547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5121516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2471
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022300
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.21371
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3150.22129
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.2125
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2270.270
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2140.222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3421.51917
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.67523018
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3831378
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4664.51230
LS精密化 シェル解像度: 2.003→2.055 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238 95 -
Rwork0.21 1792 -
obs--96.62 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.89380.4301-0.1631.9897-0.66141.54010.0143-0.103-0.05290.12530.0642-0.0240.0254-0.0365-0.0785-0.05030.01170.0135-0.04140.0118-0.050626.853616.284744.7118
21.85540.3250.52021.060.06741.39790.03330.1420.0093-0.07440.02350.06530.0509-0.0288-0.0568-0.04180.0115-0.0193-0.0324-0.0222-0.064716.280626.849715.4251
31.5322-0.5164-0.50231.33620.55251.70020.01580.02250.1836-0.06280.0568-0.1196-0.0625-0.0948-0.0726-0.04120.0040.0135-0.0708-0.0204-0.043716.937539.598430.0922
41.5488-0.0085-0.53071.5530.42242.22750.0162-0.10160.08990.03010.0153-0.18140.10160.0874-0.0315-0.06830.011-0.004-0.0355-0.0164-0.041639.602216.871430.1551
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A22 - 113
2X-RAY DIFFRACTION2B22 - 113
3X-RAY DIFFRACTION3C25 - 113
4X-RAY DIFFRACTION4D24 - 113

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る