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- PDB-3aj4: Crystal structure of the PH domain of Evectin-2 from human comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3aj4
タイトルCrystal structure of the PH domain of Evectin-2 from human complexed with O-phospho-L-serine
要素Pleckstrin homology domain-containing family B member 2
キーワードPROTEIN TRANSPORT / antiparallel BETA sheet
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cell differentiation / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / recycling endosome membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Pleckstrin homology domain-containing family B member 1/2 / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOSERINE / Pleckstrin homology domain-containing family B member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1 Å
データ登録者Okazaki, S. / Kato, R. / Wakatsuki, S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Intracellular phosphatidylserine is essential for retrograde membrane traffic through endosomes
著者: Uchida, Y. / Hasegawa, J. / Chinnapen, D. / Inoue, T. / Okazaki, S. / Kato, R. / Wakatsuki, S. / Misaki, R. / Koike, M. / Uchiyama, Y. / Iemura, S. / Natsume, T. / Kuwahara, R. / Nakagawa, T. ...著者: Uchida, Y. / Hasegawa, J. / Chinnapen, D. / Inoue, T. / Okazaki, S. / Kato, R. / Wakatsuki, S. / Misaki, R. / Koike, M. / Uchiyama, Y. / Iemura, S. / Natsume, T. / Kuwahara, R. / Nakagawa, T. / Nishikawa, K. / Mukai, K. / Miyoshi, E. / Taniguchi, N. / Sheff, D. / Lencer, W.I. / Taguchi, T. / Arai, H.
履歴
登録2010年5月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年10月5日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pleckstrin homology domain-containing family B member 2
B: Pleckstrin homology domain-containing family B member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5656
ポリマ－26,1942
非ポリマー3714
水5,549308
1
A: Pleckstrin homology domain-containing family B member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3443
ポリマ－13,0971
非ポリマー2472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Pleckstrin homology domain-containing family B member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2213
ポリマ－13,0971
非ポリマー1242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.747, 48.449, 64.323
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Pleckstrin homology domain-containing family B member 2 / PH domain-containing family B member 2 / Evectin-2


分子量: 13096.894 Da / 分子数: 2 / 断片: PH domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX-4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q96CS7
#2: 化合物 ChemComp-SEP / PHOSPHOSERINE / PHOSPHONOSERINE / L-ホスホセリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 185.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8NO6P
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.82 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月27日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1→100 Å / Num. obs: 102125 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 46.8
反射 シェル解像度: 1→1.02 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 8.5 / % possible all: 95.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2DHI

2dhi


解像度: 1→14.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / SU B: 0.431 / SU ML: 0.011 / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.02 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.12563 5104 5 %RANDOM
Rwork0.10505 ---
obs0.10606 96954 97.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 7.642 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20.01 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1→14.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1824 0 23 308 2155
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0212162
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021517
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9441.9412941
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.01233703
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.095276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.64224.954109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.12715.036414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8971515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.2302
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022495
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02438
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7991.51295
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5391.5515
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7722125
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9373867
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5494.5816
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.48633679
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1→1.025 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.171 374 -
Rwork0.131 6840 -
obs--94.36 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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