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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ai6 | ||||||
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タイトル | Triple-helical structure of (D-Pro-D-Pro-Gly)9 at 1.1 A resolution | ||||||
![]() | collagen-like peptide | ||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / collagen helix / D-enantiomer | ||||||
機能・相同性 | Saimiri transformation-associated protein / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / : / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / extracellular matrix organization / extracellular space / membrane / Saimiri transformation-associated protein![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Okuyama, K. / Miyama, K. / Kawaguchi, T. / Nishino, N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Triple-helical structure of (D-Pro-D-Pro-Gly)9 著者: Okuyama, K. / Miyama, K. / Kawaguchi, T. / Nishino, N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 75.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 66.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 444.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 444.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2cuoS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2279.547 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 詳細: This peptide adopts a collagen-helix with opposite chirality. 参照: UniProt: Q80BK4*PLUS #2: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE AUTHOR STATES, FOR THE SIX PEPTIDES, THE ACTUAL PEPTIDE CHAIN CONSISTS OF 27 AMINO ACID ...THE AUTHOR STATES, FOR THE SIX PEPTIDES, THE ACTUAL PEPTIDE CHAIN CONSISTS OF 27 AMINO ACID RESIDUES. THE B/F CHAIN CONSISTS OF TWO CHAINS WITH HALF OCCUPANCIE | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.57 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 11% PEG 200, 0.1M acetate buffer, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月8日 詳細: A double-crystal monochromator and a horizontal focusing Mirror |
放射 | モノクロメーター: Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
Reflection twin | Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.484 |
反射 | 解像度: 1.04→50 Å / Num. obs: 50349 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 10.19 |
反射 シェル | 解像度: 1.04→1.06 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2.72 / Num. unique all: 2337 / % possible all: 89.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2CUO 解像度: 1.1→10 Å / Num. parameters: 11227 / Num. restraintsaints: 14206 / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: The structure was refined under the twinning operator (h, -k, -l) AND TWINNING FRACTION 0.484 using the twinned data.
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Refine analyze | Num. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 1190.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.1→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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