PDB-3ahx: Crystal structure of beta-glucosidase A from bacterium Clostridiu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ahx

タイトル

Crystal structure of beta-glucosidase A from bacterium Clostridium cellulovorans

要素

Beta-glucosidase A

キーワード

HYDROLASE / cellulases / glycosyl hydrolase / manganese enhancement

機能・相同性

機能・相同性情報

scopolin beta-glucosidase activity / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium cellulovorans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Jeng, W.-Y. / Liu, C.-I. / Wang, A.H.-J.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural and functional analysis of three beta-glucosidases from bacterium Clostridium cellulovorans, fungus Trichoderma reesei and termite Neotermes koshunensis
著者: Jeng, W.-Y. / Wang, N.-C. / Lin, M.-H. / Lin, C.-T. / Liaw, Y.-C. / Chang, W.-J. / Liu, C.-I. / Liang, P.-H. / Wang, A.H.-J.

履歴

登録	2010年5月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ahx.cif.gz	785.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ahx.ent.gz	652 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ahx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ahx_validation.pdf.gz	821.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ahx_full_validation.pdf.gz	833.7 KB	表示
XML形式データ	3ahx_validation.xml.gz	82.7 KB	表示
CIF形式データ	3ahx_validation.cif.gz	125.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/3ahx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/3ahx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ahyC 3ahzC 3ai0C 1od0S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2j7g-2 2ces-1 2cbv-1 5idi-2 3f5j-1 4ptw-1 4ptw-2 1oim-2 2z1s-d 1w3j-1 3f5j-2 2wc4-2 2wc4-4 2j77-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-glucosidase A

B: Beta-glucosidase A

C: Beta-glucosidase A

D: Beta-glucosidase A

ヘテロ分子

211 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-glucosidase A

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-glucosidase A

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Beta-glucosidase A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Beta-glucosidase A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	128.498, 128.498, 264.060
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Beta-glucosidase A 分子量: 52698.105 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium cellulovorans (バクテリア) 遺伝子: BglA / プラスミド: pET-21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 (DE3) / 参照: UniProt: Q53EH2, beta-glucosidase
#2: 化合物	ChemComp-7PE / 2-(2-(2-(2-(2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL FRAGMENT / 3,6,9,12,15,18-ヘキサオキサイコサン-1-オ-ル分子量: 310.384 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₃₀O₇
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.43 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Hepes, 21-23%(w/v) PEG 3350, 0.3-0.45M Li2SO4, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月9日詳細: Vertically Collimating Premirror, Toroidal Focusing Mirror
放射	モノクロメーター: LN2-Cooled Fixed-Exit Double Crystal Si(111) Monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 172709 / Num. obs: 171402 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 31 Å² / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 27.5
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.323 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 17061 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
CNS		精密化
REFMAC	5.5.0072	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OD0

1od0

解像度: 1.9→28.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 5.954 / SU ML: 0.079 / Isotropic thermal model: Isotropic with TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 3.573 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19832	7980	5 %	RANDOM
R_work	0.14606	-	-	-
obs	0.14867	151131	92.04 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.123 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.69 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.69 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→28.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14530	0	42	2147	16719

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	14978
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.415	1.936	20283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.698	5	1768
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.031	24.235	791
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.089	15	2476
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.978	15	76
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	2068
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	11672
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.259	1.5	8796
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.01	2	14120
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.111	3	6182
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.635	4.5	6163
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.042	3	14978
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	6.292	3	2208
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	3.303	3	14572

LS精密化シェル

解像度: 1.902→2.005 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.233	1015	-
R_work	0.158	19522	-
obs	-	-	82.54 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3728	0.132	-0.1568	0.6129	-0.201	0.5979	-0.0313	0.0146	-0.0017	-0.0662	0.0361	-0.056	0.0527	-0.0179	-0.0048	0.0263	-0.0265	-0.0033	0.0313	0.0046	0.0383	122.7569	42.9707	-267.2584
2	0.3919	-0.0934	-0.1703	0.1903	-0.0615	0.5801	0.0562	-0.0251	0.0415	-0.002	-0.0252	-0.019	-0.1185	0.0503	-0.0311	0.0577	-0.0198	0.0229	0.0116	-0.004	0.0397	104.715	82.2706	-283.1528
3	0.7265	-0.0311	-0.0006	0.3885	0.0382	0.2886	0.0942	-0.0994	-0.0474	0.0104	-0.0589	0.0238	0.0074	-0.0336	-0.0353	0.0707	-0.0693	-0.0024	0.0761	0.0048	0.0524	79.8304	28.6937	-262.4589
4	0.4329	0.2432	0.037	0.812	-0.0556	0.506	0.0533	0.0171	0.0563	-0.0347	-0.0747	0.1298	0.0144	-0.0306	0.0214	0.0133	0.0105	-0.0029	0.0153	-0.0145	0.0413	69.0953	57.2499	-296.235

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 444
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 444
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	4 - 444
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 444

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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