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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ah4 | |||||||||
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タイトル | HA1 subcomponent of botulinum type C progenitor toxin complexed with galactose | |||||||||
![]() | Main hemagglutinin component | |||||||||
![]() | TOXIN / beta trefoil / hemagglutinin | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Nakamura, T. / Tonozuka, T. / Ide, A. / Yuzawa, T. / Oguma, K. / Nishikawa, A. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Sugar-binding sites of the HA1 subcomponent of Clostridium botulinum type C progenitor toxin 著者: Nakamura, T. / Tonozuka, T. / Ide, A. / Yuzawa, T. / Oguma, K. / Nishikawa, A. #1: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2007 タイトル: Binding properties of Clostridium botulinum type C progenitor toxin to mucins 著者: Nakamura, T. / Takada, N. / Tonozuka, T. / Sakano, Y. / Oguma, K. / Nishikawa, A. #2: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2006 タイトル: Cell internalization and traffic pathway of Clostridium botulinum type C neurotoxin in HT-29 cells 著者: Uotsu, N. / Nishikawa, A. / Watanabe, T. / Ohyama, T. / Tonozuka, T. / Sakano, Y. / Oguma, K. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 146.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 113.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 446.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 449 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 46.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34078.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: type C / プラスミド: pMAL-2X FLAG-HA1 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 糖 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.85 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 12% ethanol, 1.7M sodium chloride, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.78→50 Å / Num. all: 63127 / Num. obs: 63127 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 13.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 31.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.78→1.84 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.211 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / Num. unique all: 5877 / % possible all: 91.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1QXM 解像度: 1.78→39.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.485 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.78→39.78 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.779→1.825 Å / Total num. of bins used: 20
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