ソフトウェア 名称 バージョン 分類 NB REFMAC精密化 Show PDB_EXTRACT3.1 データ抽出 Show HKL-2000データ収集 HKL-2000データ削減 SCALEPACKデータスケーリング MOLREP位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : PDB ENTRY 1RTU解像度 : 0.99→32.71 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.975 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.976 / WRfactor Rfree : 0.16 / WRfactor Rwork : 0.147 / Occupancy max : 1 / Occupancy min : 0.4 / FOM work R set : 0.915 / SU B : 0.655 / SU ML : 0.016 / SU R Cruickshank DPI : 0.027 / SU Rfree : 0.026 / Isotropic thermal model : anisotropic / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.028 / ESU R Free : 0.026 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLYRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.162 2196 5.1 % RANDOM Rwork 0.15 - - - obs 0.151 40857 96.04 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.4 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso max : 40.26 Å2 / Biso mean : 9.168 Å2 / Biso min : 4.22 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 0.52 Å2 0 Å2 0.14 Å2 2- - -1 Å2 0 Å2 3- - - 0.58 Å2
Refine analyze Free Obs Luzzati coordinate error 0.026 Å 0.028 Å
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 0.99→32.71 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 870 0 26 99 995
拘束条件 大きな表を表示 (5 x 17) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.014 0.021 949 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.006 0.02 587 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.9 1.964 1309 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg3.524 3 1437 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg7.373 5 116 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg36.358 25.294 51 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg11.827 15 119 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg17.894 15 4 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.091 0.2 134 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.009 0.021 1104 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.002 0.02 194 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_it1.411 1.5 579 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_other0.412 1.5 235 X-RAY DIFFRACTION r_mcangle_it2.166 2 940 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_it2.848 3 370 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_it4.03 4.5 369 X-RAY DIFFRACTION r_rigid_bond_restr1.118 3 1535
LS精密化 シェル 解像度 : 0.99→1.016 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.374 162 - Rwork 0.382 2849 - all - 3011 - obs - 3011 92.16 %