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万見
- PDB-3agd: Crystal structure of Mglu in its native form in the presence of 4... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3agd
タイトルCrystal structure of Mglu in its native form in the presence of 4.3M NaCl
要素Salt-tolerant glutaminase
キーワードHYDROLASE / Glutaminase super family
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamine catabolic process / glutamate biosynthetic process / glutaminase / glutaminase activity
類似検索 - 分子機能
STAS domain / Glutaminase / Glutaminase / Transcription Regulator spoIIAA / STAS domain profile. / STAS domain / STAS domain superfamily / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like ...STAS domain / Glutaminase / Glutaminase / Transcription Regulator spoIIAA / STAS domain profile. / STAS domain / STAS domain superfamily / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Micrococcus luteus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Yoshimune, K. / Shirakihara, Y. / Yumoto, I.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Salt-induced conformational change of salt-tolerant glutaminase from Micrococcus luteus K-3
著者: Yoshimune, K. / Shirakihara, Y. / Yumoto, I.
履歴
登録2010年3月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Salt-tolerant glutaminase
B: Salt-tolerant glutaminase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,6072
ポリマ－96,6072
非ポリマー00
水13,872770
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8680 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area31260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.808, 131.150, 73.175
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Salt-tolerant glutaminase


分子量: 48303.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Micrococcus luteus (バクテリア) / 株: K-3 / 遺伝子: Glutaminase / プラスミド: pKK223-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q4U1A6, glutaminase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 770 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: microbatch method / pH: 7.5
詳細: 10mg/ml protein, 50mM HEPES, 1M ammonium formate, 4.3M NaCl, pH 7.5, Microbatch method, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→62.3 Å / Num. all: 58860 / Num. obs: 58857 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 4.8 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 29.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.381 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 8473 / Rsym value: 0.381 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
CNS1.2精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3if5

3if5


解像度: 2.2→59.4 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 2950 5 %RANDOM
Rwork0.194 55843 --
all-58809 --
obs-58793 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29.493 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.306 Å20 Å20 Å2
2---1.501 Å20 Å2
3----3.804 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.27 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→59.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6513 0 0 770 7283
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.0241.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.592
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.2720
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.56920.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRfactor Rfree errorNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.2-2.30.3013930.2680.015724399.6
2.3-2.420.253760.2150.013726099.8
2.42-2.570.2523710.2030.013724599.9
2.57-2.770.2683490.220.014731299.9
2.77-3.050.2523510.2170.013731599.9
3.05-3.490.2353560.1950.012734599.9
3.49-4.40.1843540.1540.01739099.9
4.4-59.40.2324000.1780.0127683100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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