[日本語] English
万見
- PDB-3aei: Crystal structure of the prefoldin beta2 subunit from Thermococcu... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3aei
タイトルCrystal structure of the prefoldin beta2 subunit from Thermococcus strain KS-1
要素Prefoldin beta subunit 2
キーワードCHAPERONE / double helix / coiled coil
機能・相同性
機能・相同性情報


prefoldin complex / unfolded protein binding / protein folding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #370 / Prefoldin beta-like / Prefoldin subunit / Prefoldin / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Prefoldin beta subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus sp. (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Ohtaki, A. / Sugano, Y. / Sato, T. / Noguchi, K. / Miyatake, H. / Yohda, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Thermodynamic Characterization of the Interaction between Prefoldin and Group II Chaperonin
著者: Sahlan, M. / Zako, T. / Tai, P.T. / Ohtaki, A. / Noguchi, K. / Maeda, M. / Miyatake, H. / Dohmae, N. / Yohda, M.
履歴
登録2010年2月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Prefoldin beta subunit 2
B: Prefoldin beta subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2828
ポリマ－23,8882
非ポリマー3956
水2,630146
1
A: Prefoldin beta subunit 2
ヘテロ分子

A: Prefoldin beta subunit 2
ヘテロ分子

A: Prefoldin beta subunit 2
ヘテロ分子

A: Prefoldin beta subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,30212
ポリマ－47,7764
非ポリマー5268
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z1
Buried area5630 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area24090 Å2
手法PISA
2
B: Prefoldin beta subunit 2
ヘテロ分子

B: Prefoldin beta subunit 2
ヘテロ分子

B: Prefoldin beta subunit 2
ヘテロ分子

B: Prefoldin beta subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,82820
ポリマ－47,7764
非ポリマー1,05216
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z1
Buried area5310 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area24380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.315, 67.315, 92.415
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

CL

21B-102-

CL

31A-143-

HOH

41A-144-

HOH

51B-122-

HOH

61B-173-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Prefoldin beta subunit 2


分子量: 11943.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermococcus sp. (古細菌) / 株: KS-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: B0I3E2
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 500mM ammonium sulfate, 500mM ammonium chloride, 100mM sodium citrate pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1951
2951
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory AR-NW12A11
シンクロトロンSPring-8 BL38B121.13977
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2007年11月17日
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2007年10月1日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.139771
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 24056 / Biso Wilson estimate: 26.4 Å2 / Num. measured all: 307371

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→33.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / Data cutoff high absF: 203107.52 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 1144 4.9 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.21 23582 97.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.903 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 88.71 Å2 / Biso mean: 30.9 Å2 / Biso min: 1.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.67 Å20 Å20 Å2
2--0.67 Å20 Å2
3----1.34 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.15 Å0.08 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→33.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1596 0 18 146 1760
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d17.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.411.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.652
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it6.442
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it8.822.5
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 176 4.8 %
Rwork0.242 3526 -
all-3702 -
obs--94.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramprotein_rep.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4water_rep.top

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る