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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ab6 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of NAG3 bound lysozyme from Meretrix lusoria | |||||||||
![]() | Lysozyme | |||||||||
![]() | HYDROLASE / lysozyme / Meretrix lusoria / Antibiotic / Antimicrobial / Bacteriolytic enzyme / Glycosidase / Secreted | |||||||||
機能・相同性 | ![]() chitinase activity / metabolic process / lysozyme / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Yoneda, K. / Kuwano, Y. / Araki, T. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The tertiary structure of an i-type lysozyme isolated from the common orient clam (Meretrix lusoria) 著者: Kuwano, Y. / Yoneda, K. / Kawaguchi, Y. / Araki, T. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 42.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 27.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 763.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 764.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2dqaS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13384.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / triacetyl-beta-chitotriose |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | 5TH RESIDUE IS THR IN THIS ENTRY, WHICH IS A NATURAL VARIANT REFERRED IN P86383 IN UNIPROT. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.26 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 35% 2-propanol, 0.1M Citrate buffer (pH5.5), 5% PEG 1000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.78→50 Å / Num. obs: 11004 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 15.5 Å2 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 23.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.78→1.81 Å / 冗長度: 12.8 % / Mean I/σ(I) obs: 29.4 / Rsym value: 0.119 / % possible all: 87.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2DQA 解像度: 1.78→34.48 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / Data cutoff high absF: 1753067.02 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.4758 Å2 / ksol: 0.449188 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.78→34.48 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.78→1.89 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
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