PDB-3ab2: Crystal structure of aspartate kinase from Corynebacterium glutam...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ab2

タイトル

Crystal structure of aspartate kinase from Corynebacterium glutamicum in complex with threonine

要素

(Aspartokinase) x 2

キーワード

TRANSFERASE / aspartate kinase / concerted inhibition / Alternative initiation / Amino-acid biosynthesis / ATP-binding / Diaminopimelate biosynthesis / Kinase / Lysine biosynthesis / Nucleotide-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

aspartate kinase / aspartate kinase activity / homoserine biosynthetic process / threonine biosynthetic process / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Corynebacterium glutamicum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.59 Å

データ登録者

Yoshida, A. / Tomita, T. / Kuzuyama, T. / Nishiyama, M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Mechanism of concerted inhibition of {alpha}2{beta}2-type heterooligomeric aspartate kinase from Corynebacterium glutamicum
著者: Yoshida, A. / Tomita, T. / Kuzuyama, T. / Nishiyama, M.

履歴

登録	2009年11月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年6月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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CIF形式データ	3ab2_validation.cif.gz	199 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/3ab2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/3ab2	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3aawSC 3ab4C 2dtj C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4xpg-d 6m2r-d 4xnu-d 4xp4-d 3ab4-1 2j5c-d 6m0f-d 5lel-2 3qc9-2 6x9t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (2) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Aspartokinase

B: Aspartokinase

C: Aspartokinase

D: Aspartokinase

E: Aspartokinase

F: Aspartokinase

G: Aspartokinase

H: Aspartokinase

I: Aspartokinase

J: Aspartokinase

K: Aspartokinase

L: Aspartokinase

M: Aspartokinase

N: Aspartokinase

O: Aspartokinase

P: Aspartokinase

ヘテロ分子

515 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aspartokinase

B: Aspartokinase

C: Aspartokinase

D: Aspartokinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Aspartokinase

F: Aspartokinase

G: Aspartokinase

H: Aspartokinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
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3

I: Aspartokinase

J: Aspartokinase

K: Aspartokinase

L: Aspartokinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
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4

M: Aspartokinase

N: Aspartokinase

O: Aspartokinase

P: Aspartokinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	101.833, 119.093, 124.384
Angle α, β, γ (deg.)	71.85, 69.48, 72.72
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Aspartokinase / Aspartate kinase 分子量: 44798.527 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア) 遺伝子: lysC / プラスミド: pET26b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL codon plus / 参照: UniProt: P26512, aspartate kinase
#2: タンパク質	Aspartokinase / Aspartate kinase 分子量: 19384.752 Da / 分子数: 8 / Fragment: ACT 1/2 domains, UNP residues 251-421 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア) 遺伝子: lysC / プラスミド: pACYCDuet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL codon plus / 参照: UniProt: P26512, aspartate kinase
#3: 化合物	ChemComp-THR / THREONINE タイプ: L-peptide linking / 分子量: 119.119 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₉NO₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2.2M Ammonium sulfate, 0.05M HEPES-NaOH, 2.1% PEG 400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月21日 / 詳細: mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.59→50 Å / Num. obs: 156726 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 79.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.15 / R_sym value: 0.15 / Net I/σ(I): 6.7
反射シェル	解像度: 2.59→2.69 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.84 / R_sym value: 0.47 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0088	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3AAW

3aaw

解像度: 2.59→42.04 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / SU B: 30.733 / SU ML: 0.291 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.817 / ESU R Free: 0.349 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28025	7700	5 %	RANDOM
R_work	0.23198	-	-	-
obs	0.2344	146136	97.13 %	-
all	-	153824	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.201 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0.01 Å²	-0.01 Å²
2-	-	0 Å²	-0.01 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.411 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.59→42.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	31609	0	120	246	31975

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	32005
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	20728
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.905	1.973	43386
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.787	3	51004
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.344	5	4257
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.158	25.193	1292
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.786	15	5437
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.399	15	213
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.051	0.2	5335
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	36016
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	5817
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.234	1.5	21333
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.024	1.5	8780
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.437	2	34103
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.498	3	10672
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.894	4.5	9283
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.589→2.656 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.439	489	-
R_work	0.381	9049	-
obs	-	-	81.89 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9728	0.0302	0.7789	0.4414	0.6464	1.9365	0.1187	0.0582	-0.1142	-0.026	-0.0122	-0.0771	0.145	0.0496	-0.1065	0.0973	0.0164	0.0705	0.0057	0.0036	0.1036	-1.1174	-0.0454	0.5917
2	2.5815	0.0367	0.1192	0.7682	0.2262	2.2755	0.1673	-0.2525	-0.3436	0.0037	-0.0083	-0.1855	0.3538	0.1048	-0.159	0.0652	0.0012	-0.0394	0.0356	0.0424	0.126	10.5027	-4.8718	21.8384
3	0.6851	-0.1391	0.4367	1.1266	-1.0611	1.9995	-0.0403	-0.07	-0.0138	-0.2923	0.2497	0.1381	0.2503	-0.1797	-0.2094	0.1746	-0.061	-0.0075	0.0691	0.0056	0.0788	-47.0018	7.0322	-24.5732
4	2.564	0.1244	-0.5097	2.352	0.4638	1.5185	-0.162	0.208	-0.3064	-0.5501	0.3445	0.316	0.4743	-0.487	-0.1825	0.5693	-0.3142	-0.2207	0.2659	0.1421	0.1878	-61.3236	6.2798	-45.1634
5	0.5052	-0.6175	0.0857	2.2105	-0.6177	0.3794	-0.0304	0.0833	0.1317	0.0027	0.0221	-0.1801	0.0086	-0.1024	0.0083	0.0901	0.0044	0.0434	0.1271	-0.0334	0.1273	-6.2593	20.4381	-50.5934
6	3.2075	-0.3161	0.3693	1.7379	-0.314	1.8755	-0.0764	0.3827	-0.199	-0.198	0.1464	-0.2682	0.2195	-0.1267	-0.07	0.1659	-0.0454	0.0906	0.1213	-0.077	0.1176	0.5781	-3.3643	-54.6194
7	0.575	-0.0839	0.2361	2.6399	0.3426	0.974	-0.0646	-0.0495	-0.0888	-0.0378	0.0823	0.0904	0.0504	-0.0468	-0.0178	0.0782	-0.0045	0.0477	0.0381	0.0336	0.0647	-42.9895	57.6151	-43.692
8	1.6949	-0.3642	-0.136	1.8077	0.3218	3.0276	-0.1094	-0.02	0.0677	-0.1288	0.0251	0.18	-0.3016	-0.2209	0.0843	0.1603	0.0336	0.0153	0.0191	0.0019	0.0416	-49.7023	81.4495	-44.7379
9	0.8457	-0.1215	0.3076	0.6391	0.7202	2.5609	-0.195	-0.029	0.2287	-0.0648	0.0244	-0.1078	-0.2888	0.3495	0.1706	0.0687	-0.0231	-0.0517	0.0837	0.0602	0.245	3.6983	69.5736	-31.507
10	2.0678	-0.5059	-0.5741	2.6764	-0.2117	2.2514	-0.2435	0.201	0.5035	-0.2925	0.2305	-0.1076	-0.4596	0.6778	0.013	0.2446	-0.2744	-0.0729	0.3479	0.1448	0.346	10.4192	71.8611	-55.1012
11	0.1985	-0.12	-0.0814	0.8746	-0.4819	2.2762	-0.0223	0.012	0.0349	0.095	-0.0902	0.1108	-0.2688	-0.177	0.1124	0.066	0.0412	-0.0256	0.0778	-0.0648	0.0732	-32.0934	74.9561	7.0438
12	2.5578	-0.0253	-0.1685	2.3754	-0.1983	1.7307	-0.1856	-0.0727	0.2389	0.5285	-0.0232	0.1618	-0.5696	-0.3261	0.2088	0.3829	0.0667	0.0052	0.1177	-0.0984	0.119	-38.2706	79.1269	30.4824
13	0.5062	0.463	0.0242	1.9376	-0.881	0.791	-0.1001	-0.0468	0.0019	0.1313	-0.0576	-0.2553	-0.0715	0.0352	0.1577	0.0682	0.01	-0.0251	0.1678	-0.133	0.1755	9.1994	49.7724	19.7687
14	2.7288	-0.0204	0.063	2.0747	0.252	1.5453	-0.1121	-0.1479	0.1888	0.3427	-0.0936	-0.2689	-0.3656	0.1481	0.2057	0.1945	-0.0163	-0.1839	0.1301	-0.0754	0.2727	22.2934	71.0591	20.0384
15	0.7202	0.7151	0.094	2.0907	0.4815	0.3631	0.0676	-0.0587	0.059	0.1199	-0.012	0.0589	-0.0312	0.018	-0.0555	0.1135	0.0313	0.0615	0.0772	0.0133	0.0399	-35.7971	24.4128	26.0841
16	1.792	-0.3389	0.6245	1.8197	-0.0444	1.6303	0.0861	-0.0758	-0.1751	0.2684	-0.0925	0.1527	0.0224	-0.1246	0.0063	0.1215	-0.0154	0.0452	0.0472	0.0153	0.0547	-47.1297	3.255	30.1372

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 409
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 160
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 408
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	4 - 158
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	2 - 408
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	3 - 158
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 408
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	2 - 158
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	2 - 409
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	3 - 156
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	2 - 409
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	4 - 158
13	X-RAY DIFFRACTION	13	M	2 - 408
14	X-RAY DIFFRACTION	14	N	3 - 157
15	X-RAY DIFFRACTION	15	O	2 - 411
16	X-RAY DIFFRACTION	16	P	1 - 159

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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