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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3a8d | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Trypsin complexed with (E)-2-(4-carbamimidoylbenzylideneaminooxy)acetic acid (under aniline-free condition) | ||||||
![]() | Cationic trypsin | ||||||
![]() | HYDROLASE / In-Crystal Chemical Ligation / Disulfide bond / Metal-binding / Protease / Secreted / Serine protease / Zymogen | ||||||
機能・相同性 | ![]() trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yamane, J. / Yao, M. / Tanaka, I. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: In-Crystal Chemical Ligation for Drug Discovery 著者: Yamane, J. / Ooyabu, N. / Yao, M. / Takemoto, H. / Tanaka, I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 63 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 43.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 440.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 440.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3a7tSC ![]() 3a7vC ![]() 3a7wC ![]() 3a7xC ![]() 3a7yC ![]() 3a7zC ![]() 3a80C ![]() 3a81C ![]() 3a82C ![]() 3a83C ![]() 3a84C ![]() 3a85C ![]() 3a86C ![]() 3a87C ![]() 3a88C ![]() 3a89C ![]() 3a8aC ![]() 3a8bC ![]() 3a8cC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | ChemComp-O09 / ( | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.65 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris-HCl, 30% PEG 3350, 0.2M Lithium Sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→50 Å / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 25.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.171 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Rsym value: 0.171 / % possible all: 98.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3A7T 解像度: 1.75→19.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 1.786 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.525 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→19.65 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
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