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- PDB-3a7u: Crystal structure of the bovine lipoyltransferase in its unligand... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a7u
タイトルCrystal structure of the bovine lipoyltransferase in its unliganded form
要素Lipoyltransferase 1, mitochondrial
キーワードTRANSFERASE / lipoic acid / Acyltransferase / Mitochondrion / Transit peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


lipoyl amidotransferase / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / lipoyltransferase activity / lipoate-protein ligase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / protein modification process / mitochondrion / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Lipoyltransferase/lipoate-protein ligase / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) catalytic domain profile. / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL), catalytic domain / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Enolase-like; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Lipoyl amidotransferase LIPT1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.44 Å
データ登録者Fujiwara, K. / Hosaka, H. / Nakagawa, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Global conformational change associated with the two-step reaction catalyzed by Escherichia coli lipoate-protein ligase A.
著者: Fujiwara, K. / Maita, N. / Hosaka, H. / Okamura-Ikeda, K. / Nakagawa, A. / Taniguchi, H.
履歴
登録2009年10月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipoyltransferase 1, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2151
ポリマ－39,2151
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.175, 91.175, 232.204
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Lipoyltransferase 1, mitochondrial / Lipoate-protein ligase / Lipoate biosynthesis protein / Lipoyl ligase


分子量: 39214.797 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 27-373 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: LIPT1 / プラスミド: pET-3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS
参照: UniProt: O46419, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.38 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: Bruker DIP-6040 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.44→50 Å / Num. all: 8169 / Num. obs: 8169 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 44
反射 シェル解像度: 3.45→3.51 Å / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 0.451 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2E5A

2e5a


解像度: 3.44→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.866 / SU B: 75.132 / SU ML: 0.544 / SU Rfree: 0.666 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.666 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31839 605 7.5 %RANDOM
Rwork0.24224 ---
obs0.24779 7452 99.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 73.016 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å20.16 Å20 Å2
2--0.31 Å20 Å2
3----0.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.44→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2600 0 0 0 2600
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0212659
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8631.9423608
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0395323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.84324.545121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.64315472
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.7991512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2412
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0211977
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3851.51617
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.70422633
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.48931042
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.8914.5975
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.444→3.531 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 44 -
Rwork0.303 480 -
obs--91.13 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -12.8283 Å / Origin y: 34.1965 Å / Origin z: -16.3986 Å
111213212223313233
T0.155 Å2-0.0565 Å20.0934 Å2-0.0725 Å2-0.0578 Å2--0.1082 Å2
L2.745 °2-0.8017 °2-2.2025 °2-0.2587 °20.7587 °2--2.8956 °2
S0.158 Å °0.2146 Å °0.0813 Å °-0.0032 Å °-0.052 Å °-0.0243 Å °-0.0363 Å °-0.2421 Å °-0.1059 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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