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- PDB-2xoz: C-terminal cysteine rich domain of human CHFR bound to AMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xoz
タイトルC-terminal cysteine rich domain of human CHFR bound to AMP
要素E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE CHFR
キーワードLIGASE (リガーゼ) / ZINC-BINDING / PBZ / POLY(ADP-RIBOSE) BINDING / MITOSIS (有糸分裂) / ANTEPHASE CHECKPOINT
機能・相同性
機能・相同性情報


meiotic spindle checkpoint signaling / mitotic G2/M transition checkpoint / positive regulation of protein ubiquitination / protein destabilization / RING-type E3 ubiquitin transferase / PML body / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process ...meiotic spindle checkpoint signaling / mitotic G2/M transition checkpoint / positive regulation of protein ubiquitination / protein destabilization / RING-type E3 ubiquitin transferase / PML body / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / 細胞分裂 / nucleotide binding / metal ion binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Herpes Virus-1 - #140 / E3 ubiquitin-protein ligase CHFR, cysteine rich domain with multizinc binding / Cysteine rich domain with multizinc binding regions / PBZ domain / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily ...Herpes Virus-1 - #140 / E3 ubiquitin-protein ligase CHFR, cysteine rich domain with multizinc binding / Cysteine rich domain with multizinc binding regions / PBZ domain / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily / Herpes Virus-1 / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / 薬指 / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
アデニル酸 / E3 ubiquitin-protein ligase CHFR
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.374 Å
データ登録者Oberoi, J. / Bayliss, R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural Basis of Poly(Adp-Ribose) Recognition by the Multizinc Binding Domain of Checkpoint with Forkhead-Associated and Ring Domains (Chfr).
著者: Oberoi, J. / Richards, M.W. / Crumpler, S. / Brown, N. / Blagg, J. / Bayliss, R.
履歴
登録2010年8月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月7日Group: Non-polymer description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE CHFR
B: E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE CHFR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,88514
ポリマ－58,5372
非ポリマー1,34912
水3,639202
1
A: E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE CHFR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5956
ポリマ－29,2681
非ポリマー3275
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE CHFR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2908
ポリマ－29,2681
非ポリマー1,0217
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)162.810, 51.560, 82.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.93, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE CHFR / CHFR / CHECKPOINT WITH FORKHEAD AND RING FINGER DOMAINS PROTEIN / RING FINGER PROTEIN 196


分子量: 29268.252 Da / 分子数: 2 / 断片: CYSTEINE-RICH REGION, RESIDUES 407-664 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CODONPLUS RIL
参照: UniProt: Q96EP1, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP / アデニル酸


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細N-TERMINAL 'GAM' SEQUENCE FROM VECTOR. GENBANK AAF91084.1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.3 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 12% PEG 20000, 0.1M MES PH 6.5, 0.1M KCL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→65.41 Å / Num. obs: 26821 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 18.08 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.37→2.5 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XOC

2xoc


解像度: 2.374→39.687 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 21.08 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: AMP LIGAND WAS MODELED AS ADENINE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2315 2273 8.7 %
Rwork0.1793 --
obs0.1838 26036 96.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 18.755 Å2 / ksol: 0.328 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4997 Å20 Å21.5329 Å2
2--0.7942 Å20 Å2
3----0.2945 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.374→39.687 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3391 0 30 202 3623
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083533
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0434801
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.5861294
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069506
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005632
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3742-2.45910.28082110.21622235X-RAY DIFFRACTION92
2.4591-2.55750.24012380.20392253X-RAY DIFFRACTION93
2.5575-2.67390.24652130.19122312X-RAY DIFFRACTION95
2.6739-2.81480.25932240.18392349X-RAY DIFFRACTION97
2.8148-2.99110.2642280.20222359X-RAY DIFFRACTION97
2.9911-3.2220.28262200.20282431X-RAY DIFFRACTION98
3.222-3.5460.23662360.18112414X-RAY DIFFRACTION99
3.546-4.05870.19312310.14822451X-RAY DIFFRACTION99
4.0587-5.11180.18712320.14422448X-RAY DIFFRACTION99
5.1118-39.69220.19362400.15832511X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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