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- PDB-3a7n: Crystal structure of uracil-DNA glycosylase from Mycobacterium tu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a7n
タイトルCrystal structure of uracil-DNA glycosylase from Mycobacterium tuberculosis
要素Uracil-DNA glycosylase
キーワードHYDROLASE / Ung-Ugi interactions / Ung-DNA complex / citrate as protein ligand / ligand binding / inhibitor design / DNA damage / DNA repair / Glycosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal / uracil-DNA glycosylase / uracil DNA N-glycosylase activity / base-excision repair / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Uracil-DNA glycosylase family 1 / Uracil DNA glycosylase superfamily / UreE urease accessory protein, C-terminal domain / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA Glycosylase, subunit E / Uracil-DNA glycosylase-like domain / Uracil-DNA glycosylase-like / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily ...Uracil-DNA glycosylase family 1 / Uracil DNA glycosylase superfamily / UreE urease accessory protein, C-terminal domain / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA Glycosylase, subunit E / Uracil-DNA glycosylase-like domain / Uracil-DNA glycosylase-like / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Uracil-DNA glycosylase / Uracil-DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Kaushal, P.S. / Talawar, R.K. / Varshney, U. / Vijayan, M.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: Structure of uracil-DNA glycosylase from Mycobacterium tuberculosis: insights into interactions with ligands
著者: Kaushal, P.S. / Talawar, R.K. / Varshney, U. / Vijayan, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008
タイトル: Unique features of the structure and interactions of mycobacterial uracil-DNA glycosylase: structure of a complex of the Mycobacterium tuberculosis enzyme in comparison with those from other sources
著者: Kaushal, P.S. / Talawar, R.K. / Krishna, P.D.V. / Varshney, U. / Vijayan, M.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Domain closure and action of uracil DNA glycosylase (UDG): structures of new crystal forms containing the Escherichia coli enzyme and a comparative study of the known structures involving UDG
著者: Saikrishnan, K. / Bidya Sagar, M. / Ravishankar, R. / Roy, S. / Purnapatre, K. / Handa, P. / Varshney, U. / Vijayan, M.
#3: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1998
タイトル: X-ray analysis of a complex of Escherichia coli uracil DNA glycosylase (EcUDG) with a proteinaceous inhibitor. The structure elucidation of a prokaryotic UDG
著者: Ravishankar, R. / Bidya Sagar, M. / Roy, S. / Purnapatre, K. / Handa, P. / Varshney, U. / Vijayan, M.
履歴
登録2009年9月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uracil-DNA glycosylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1923
ポリマ－25,8141
非ポリマー3782
水3,477193
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.840, 63.670, 86.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Uracil-DNA glycosylase / UDG


分子量: 25813.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: H37RV / 遺伝子: ung, Rv2976c / プラスミド: PRSETB MTUUDG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P67071, UniProt: P9WFQ9*PLUS, uridine nucleosidase
#2: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION


分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7
詳細: 1.8M tri-ammonium citrate pH 7.0, 10% isopropanol, microbatch, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年8月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: OSMIC MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→30 Å / Num. all: 18628 / Num. obs: 18238 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 30 Å2 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 2583 / Rsym value: 0.493 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ZHX

2zhx


解像度: 1.95→26.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 6.309 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19888 885 4.9 %RANDOM
Rwork0.18103 ---
obs0.18195 17319 97.74 %-
all-18628 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.059 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.56 Å20 Å20 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3---0.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→26.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1764 0 26 193 1983
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0221841
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1391.9772521
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.055232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.63121.75774
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.80615257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5391518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2273
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021453
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1910.2897
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.21254
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1150.2161
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1670.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1410.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3371.51200
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.59121884
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9193733
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.554.5637
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 53 -
Rwork0.231 1255 -
obs--98.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.54572.105311.28151.61572.81120.1559-0.0293-0.3617-0.02110.1179-0.07080.119-0.0509-0.35580.1002-0.1022-0.01540.047-0.0240.0259-0.0104-20.6111-8.329523.3935
22.04810.26321.84690.5274-0.16332.5586-0.0547-0.05490.06110.02220.00980.1159-0.0834-0.04150.0449-0.03710.01080.0199-0.0292-0.0201-0.0147-16.8103-3.581419.4602
30.3084-0.15860.09110.43090.07220.6013-0.0109-0.0062-0.01790.00650.01390.03410.04490.0215-0.003-0.00820.0005-0.0045-0.0153-0.0061-0.0117-5.8588-13.598313.4629
41.0005-0.0396-0.12970.10730.2120.92450.0021-0.0061-0.09260.00450.0224-0.01050.0273-0.0009-0.0245-0.01090.00730.0061-0.03130.01030.00224.765-19.341711.3439
50.55220.1203-0.03320.64460.2190.0848-0.0236-0.02850.0772-0.05350.02480.0299-0.03790.0463-0.0011-0.0011-0.0068-0.0063-0.0097-0.0103-0.0222-4.0618-2.520115.1012
60.8861-0.1213-0.24070.85950.06451.1676-0.0032-0.04350.0488-0.0150.0461-0.0932-0.06310.1051-0.043-0.03770.0008-0.0013-0.0182-0.0109-0.023110.1557-8.897714.8366
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-4 - 7
2X-RAY DIFFRACTION2A8 - 41
3X-RAY DIFFRACTION3A42 - 90
4X-RAY DIFFRACTION4A91 - 125
5X-RAY DIFFRACTION5A126 - 170
6X-RAY DIFFRACTION6A171 - 227

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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