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- PDB-3a7d: Crystal Structures of rat Catechol-O-Methyltransferase complexed ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a7d
タイトルCrystal Structures of rat Catechol-O-Methyltransferase complexed with new bi-substrate type inhibitor
要素Catechol O-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Methyltransferase / NEUROTRANSMITTER DEGRADATION / ALTERNATIVE INITIATION / CATECHOLAMINE METABOLISM / S-ADENOSYL-L-METHIONINE / Cell membrane / Magnesium / Membrane / Metal-binding / Phosphoprotein / Signal-anchor / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of homocysteine metabolic process / Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / Methylation / norepinephrine secretion / response to dopamine / mastication / catecholamine catabolic process / catechol O-methyltransferase activity / S-adenosylhomocysteine metabolic process ...positive regulation of homocysteine metabolic process / Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / Methylation / norepinephrine secretion / response to dopamine / mastication / catecholamine catabolic process / catechol O-methyltransferase activity / S-adenosylhomocysteine metabolic process / catechol O-methyltransferase / developmental process / renal sodium excretion / renal filtration / S-adenosylmethionine metabolic process / renin secretion into blood stream / dopamine secretion / catecholamine metabolic process / renal albumin absorption / artery development / habituation / cerebellar cortex morphogenesis / : / dopamine catabolic process / response to salt / glomerulus development / norepinephrine metabolic process / short-term memory / fear response / response to angiotensin / synaptic transmission, dopaminergic / cellular response to phosphate starvation / cellular response to cocaine / estrogen metabolic process / cholesterol efflux / prostaglandin metabolic process / response to pain / response to food / negative regulation of dopamine metabolic process / response to corticosterone / response to temperature stimulus / glycogen metabolic process / response to stress / startle response / exploration behavior / dopamine metabolic process / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / behavioral fear response / multicellular organismal response to stress / response to cytokine / response to amphetamine / learning / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / kidney development / female pregnancy / visual learning / regulation of blood pressure / response to toxic substance / response to wounding / response to estrogen / multicellular organism growth / cognition / memory / cell body / vesicle / response to lipopolysaccharide / methylation / dendritic spine / response to oxidative stress / gene expression / postsynaptic membrane / response to hypoxia / learning or memory / postsynapse / response to xenobiotic stimulus / axon / dendrite / glutamatergic synapse / magnesium ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Catechol O-methyltransferase, eukaryotic / Class I-like SAM-dependent O-methyltransferase / O-methyltransferase / SAM-dependent O-methyltransferase class I-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FBN / Catechol O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Tsuji, E.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Hit to Lead: Comprehensive Strategy of de novo Scaffold Generation by FBDD. Part 2: Ligand Fishing using Mass Spectrometry by Detection of Ligand-Protein Non-Covalent Complex after Matrix Click Chemistry
著者: Muranaka, H. / Nakatsu, M. / Tsuji, E. / Okazaki, K.
履歴
登録2009年9月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catechol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6615
ポリマ－24,9171
非ポリマー7454
水1,67593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.075, 58.082, 79.198
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Catechol O-methyltransferase


分子量: 24916.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Comt / プラスミド: pGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22734, catechol O-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-FBN / 5'-deoxy-5'-[4-({[(2,3-dihydroxy-5-nitrophenyl)carbonyl]amino}methyl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]adenosine / N-[(1-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl}-1H-1,2,3-triazol-4-yl)methyl]-2,3-dihy droxy-5-nitrobenzamide


分子量: 528.435 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H20N10O8
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE IS BASED ON ISOFORM 2 OF P22734(COMT_RAT).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M (NH4)2SO4, 0.1M Tris pH 7.5, 30% (w/v) PEG 400, 0.35% (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月16日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→46.8 Å / Num. all: 9108 / Num. obs: 9468 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 27.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.218 / Mean I/σ(I) obs: 9.1 / Num. unique all: 1282 / Rsym value: 0.236 / % possible all: 96.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BSSat BL32B2データ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VID

1vid


解像度: 2.4→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 7.573 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.606 / ESU R Free: 0.269 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22466 891 9.9 %RANDOM
Rwork0.1592 ---
obs0.16601 8064 96.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.684 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.49 Å20 Å20 Å2
2--1.23 Å20 Å2
3----0.74 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.269 Å0.606 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.24 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1676 0 49 93 1818
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0221757
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1812.0182387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.875213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.4424.875
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.9115301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.646159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2264
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211313
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9541.51062
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.82821708
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2973695
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1914.5679
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.459 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 62 -
Rwork0.215 533 -
obs--94.75 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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