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万見
- PDB-3a72: High resolution structure of Penicillium chrysogenum alpha-L-arab... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a72
タイトルHigh resolution structure of Penicillium chrysogenum alpha-L-arabinanase complexed with arabinobiose
要素Exo-arabinanase
キーワードHYDROLASE / ARABINASE / GLYCOSYL HYDROLASE
機能・相同性Neuraminidase - #10 / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta / Exo-arabinanase
機能・相同性情報
生物種Penicillium chrysogenum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.04 Å
データ登録者Sogabe, Y.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011
タイトル: High-resolution structure of exo-arabinanase from Penicillium chrysogenum
著者: Sogabe, Y. / Kitatani, T. / Yamaguchi, A. / Kinoshita, T. / Adachi, H. / Takano, K. / Inoue, T. / Mori, Y. / Matsumura, H. / Sakamoto, T. / Tada, T.
履歴
登録2009年9月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exo-arabinanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6422
ポリマ－39,3601
非ポリマー2821
水9,836546
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.959, 77.117, 79.574
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Exo-arabinanase / EXO-1 / 5-ALPHA-L-ARABINANASE


分子量: 39359.625 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 24-378 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Penicillium chrysogenum (菌類) / 株: 31B / プラスミド: pET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLysS
参照: UniProt: Q7ZA77, non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase
#2: 多糖 alpha-L-arabinofuranose-(1-5)-alpha-L-arabinofuranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 282.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LArafa1-5LArafa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a211h-1a_1-4]/1-1/a5-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-L-Araf]{[(5+1)][a-L-Araf]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 546 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.87 %
結晶化温度: 277 K / pH: 4.5
詳細: 28% MPD, 0.1M sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月24日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR SI(11
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.04→10 Å / Num. obs: 196659 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 9.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 26.5
反射 シェル解像度: 1.04→1.08 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.363 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3A71

3a71


解像度: 1.04→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / Num. parameters: 30063 / Num. restraintsaints: 36062 / SU B: 0.247 / SU ML: 0.013 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / ESU R: 0.023 / ESU R Free: 0.024 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1254 9813 5.263 %RANDOM
obs0.1044 186439 94.7 %-
all-186439 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 6.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 2652 / Occupancy sum non hydrogen: 3340
FreeObs
Luzzati coordinate error0.013 Å0.023 Å
Luzzati sigma a0.247 Å0.024 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.04→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2771 0 19 546 3336
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0343
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.099
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.092
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.155
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.035
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.108
LS精密化 シェル解像度: 1.04→1.067 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 672 -
Rwork0.247 13407 -
obs--97.72 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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