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- PDB-3a6p: Crystal structure of Exportin-5:RanGTP:pre-miRNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a6p
タイトルCrystal structure of Exportin-5:RanGTP:pre-miRNA complex
要素
  • (pre-microRNA) x 2
  • 13-mer peptide
  • Exportin-5
  • GTP-binding nuclear protein Ran
キーワードPROTEIN TRANSPORT/NUCLEAR PROTEIN/RNA / EXPORTIN-5 / PRE-MICRORNA / RANGTP / NUCLEAREXPORT / IMPORTIN-BETA FAMILY / Nucleus / Phosphoprotein / Protein transport / RNA-binding / RNA-mediated gene silencing / Transport / tRNA-binding / Cell cycle / Cell division / GTP-binding / Isopeptide bond / Mitosis / Nucleotide-binding / PROTEIN TRANSPORT-NUCLEAR PROTEIN-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


pre-miRNA binding / RISC complex binding / pre-miRNA export from nucleus / RNA nuclear export complex / snRNA import into nucleus / nuclear export signal receptor activity / miRNA metabolic process / RISC complex / GTP metabolic process / RNA export from nucleus ...pre-miRNA binding / RISC complex binding / pre-miRNA export from nucleus / RNA nuclear export complex / snRNA import into nucleus / nuclear export signal receptor activity / miRNA metabolic process / RISC complex / GTP metabolic process / RNA export from nucleus / MicroRNA (miRNA) biogenesis / mitotic sister chromatid segregation / ribosomal subunit export from nucleus / protein export from nucleus / positive regulation of protein export from nucleus / small GTPase binding / protein import into nucleus / nuclear envelope / melanosome / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / tRNA binding / cell division / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / magnesium ion binding / protein-containing complex / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Exportin-5, C-terminal domain / Exportin-5 family / Exportin-1/5 / Exportin-1/Importin-beta-like / Exportin 1-like protein / small GTPase Ran family profile. / Ran GTPase / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta, N-terminal domain ...Exportin-5, C-terminal domain / Exportin-5 family / Exportin-1/5 / Exportin-1/Importin-beta-like / Exportin 1-like protein / small GTPase Ran family profile. / Ran GTPase / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta, N-terminal domain / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Armadillo-like helical / Small GTP-binding protein domain / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) / GTP-binding nuclear protein Ran / Exportin-5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Canis lupus familiaris (イヌ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.92 Å
データ登録者Okada, C. / Yamashita, E. / Lee, S.J. / Shibata, S. / Katahira, J. / Nakagawa, A. / Yoneda, Y. / Tsukihara, T.
引用ジャーナル: Science / 年: 2009
タイトル: A high-resolution structure of the pre-microRNA nuclear export machinery
著者: Okada, C. / Yamashita, E. / Lee, S.J. / Shibata, S. / Katahira, J. / Nakagawa, A. / Yoneda, Y. / Tsukihara, T.
履歴
登録2009年9月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年4月25日Group: Database references
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Exportin-5
B: 13-mer peptide
C: GTP-binding nuclear protein Ran
D: pre-microRNA
E: pre-microRNA
F: Exportin-5
G: 13-mer peptide
H: GTP-binding nuclear protein Ran
I: pre-microRNA
J: pre-microRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)355,86214
ポリマ－354,76710
非ポリマー1,0954
水00
1
A: Exportin-5
B: 13-mer peptide
C: GTP-binding nuclear protein Ran
D: pre-microRNA
E: pre-microRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,9317
ポリマ－177,3835
非ポリマー5472
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: Exportin-5
G: 13-mer peptide
H: GTP-binding nuclear protein Ran
I: pre-microRNA
J: pre-microRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,9317
ポリマ－177,3835
非ポリマー5472
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.157, 304.667, 89.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.79, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12A
22D
13A
23D
14A
24D
15A
25D
16A
26D
17A
27D
18A
28D
19A
29D
110A
210D
111A
211D
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241D
142B
242E
143C
243F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A2 - 22
2111D2 - 22
1121A28 - 43
2121D28 - 43
1131A46 - 55
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1141A61 - 77
2141D61 - 77
1151A84 - 99
2151D84 - 99
1161A110 - 125
2161D110 - 125
1171A133 - 146
2171D133 - 146
1181A147 - 166
2181D147 - 166
1191A172 - 204
2191D172 - 204
11101A214 - 225
21101D214 - 225
11111A248 - 259
21111D248 - 259
11121A265 - 274
21121D265 - 274
11131A285 - 305
21131D285 - 305
11141A311 - 331
21141D311 - 331
11151A349 - 361
21151D349 - 361
11161A365 - 380
21161D365 - 380
11171A390 - 404
21171D390 - 404
11181A428 - 453
21181D428 - 453
11191A456 - 473
21191D456 - 473
11201A498 - 519
21201D498 - 519
11211A529 - 540
21211D529 - 540
11221A546 - 560
21221D546 - 560
11231A568 - 583
21231D568 - 583
11241A596 - 614
21241D596 - 614
11251A623 - 635
21251D623 - 635
11261A642 - 658
21261D642 - 658
11271A661 - 691
21271D661 - 691
11281A715 - 733
21281D715 - 733
11291A765 - 787
21291D765 - 787
11301A832 - 852
21301D832 - 852
11311A867 - 878
21311D867 - 878
11321A884 - 901
21321D884 - 901
11331A911 - 937
21331D911 - 937
11341A952 - 978
21341D952 - 978
11351A1018 - 1035
21351D1018 - 1035
11361A1041 - 1059
21361D1041 - 1059
11371A1065 - 1081
21371D1065 - 1081
11381A1087 - 1102
21381D1087 - 1102
11391A1109 - 1119
21391D1109 - 1119
11401A1122 - 1136
21401D1122 - 1136
11411A1305 - 1317
21411D1305 - 1317
11421B7 - 176
21421E7 - 176
11431C1 - 63
21431F1 - 63

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
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27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 AFCH

#1: タンパク質 Exportin-5 / Exp5 / Ran-binding protein 21


分子量: 136454.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XPO5, KIAA1291, RANBP21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HAV4
#3: タンパク質 GTP-binding nuclear protein Ran / RanGTP / GTPase Ran / Ras-related nuclear protein / Ras-like protein TC4


分子量: 24456.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Canis lupus familiaris (イヌ) / 遺伝子: RAN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62825

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 BG

#2: タンパク質・ペプチド 13-mer peptide


分子量: 1124.378 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
RNA鎖 , 2種, 4分子 DIEJ

#4: RNA鎖 pre-microRNA


分子量: 7692.639 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#5: RNA鎖 pre-microRNA


分子量: 7655.519 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 2種, 4分子

#6: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THE AUTHOR COULDN'T TRACE THE RESIDUES AT POSITIONS 1305-1317 (CHAINS B, G) BECAUSE ELECTRON ...THE AUTHOR COULDN'T TRACE THE RESIDUES AT POSITIONS 1305-1317 (CHAINS B, G) BECAUSE ELECTRON DENSITY IS BROKEN. THERE IS DISCONTINUOUS ELECTRON DENSITY, SO THE AUTHOR COULDN'T SPECIFY THE AMINO ACID.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.74 %

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: Bruker DIP-6040 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月12日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2.9 Å / Num. obs: 74959

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.92→39.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 26.177 / SU ML: 0.481 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.518 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31242 3826 5.1 %RANDOM
Rwork0.24734 ---
obs0.25061 71062 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 96.699 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.16 Å20 Å2-5.32 Å2
2---6.54 Å20 Å2
3----2.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.92→39.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20044 1942 66 0 22052
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.02222684
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8282.08331156
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.17552496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.45124.239920
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.336153702
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.63615126
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.23636
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216138
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2440.210801
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.215770
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1630.2610
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined00.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3130.2109
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3180.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9691.512873
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.732220316
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X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A156tight positional0.070.05
2A146tight positional0.060.05
3A70tight positional0.070.05
4A142tight positional0.090.05
5A132tight positional0.090.05
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14A170tight positional0.080.05
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17A118tight positional0.070.05
18A208tight positional0.070.05
19A152tight positional0.080.05
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21A93tight positional0.070.05
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32A155tight positional0.060.05
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34A217tight positional0.060.05
35A138tight positional0.060.05
36A152tight positional0.060.05
37A131tight positional0.060.05
38A124tight positional0.060.05
39A89tight positional0.050.05
40A122tight positional0.060.05
41A66tight positional0.040.05
42B1386tight positional0.080.05
43C971tight positional0.060.05
1A156tight thermal9.6650
2A146tight thermal9.4250
3A70tight thermal7.9650
4A142tight thermal10.8450
5A132tight thermal7.9450
6A129tight thermal12.2350
7A107tight thermal9.8550
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10A86tight thermal7.1450
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13A160tight thermal18.8650
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34A217tight thermal13.450
35A138tight thermal9.3850
36A152tight thermal9.3350
37A131tight thermal8.1350
38A124tight thermal11.4850
39A89tight thermal7.1950
40A122tight thermal6.8950
41A66tight thermal13.2250
42B1386tight thermal6.1850
43C971tight thermal26.550
LS精密化 シェル解像度: 2.925→3 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.411 240 -
Rwork0.355 4255 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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