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万見
- PDB-3a57: Crystal structure of Thermostable Direct Hemolysin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a57
タイトルCrystal structure of Thermostable Direct Hemolysin
要素Thermostable direct hemolysin 2
キーワードTOXIN / hemolysin / Cytolysis / Disulfide bond / Hemolysis
機能・相同性
機能・相同性情報


hemolysis by symbiont of host erythrocytes / : / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Vibrio parahaemolyticus thermostable direct hemolysin / Thermostable direct haemolysin, vibrio / Thermostable direct haemolysin superfamily / Vibrio thermostable direct hemolysin / Mutm (Fpg) Protein; Chain: A, domain 2 / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thermostable direct hemolysin 2
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Hashimoto, H. / Yanagihara, I. / Nakahira, K. / Hamada, D. / Ikegami, T. / Mayanagi, K. / Kaieda, S. / Fukui, T. / Ohnishi, K. / Kajiyama, S. ...Hashimoto, H. / Yanagihara, I. / Nakahira, K. / Hamada, D. / Ikegami, T. / Mayanagi, K. / Kaieda, S. / Fukui, T. / Ohnishi, K. / Kajiyama, S. / Yamane, T. / Ikeguchi, M. / Honda, T. / Shimizu, T. / Sato, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structure and functional characterization of Vibrio parahaemolyticus thermostable direct hemolysin
著者: Yanagihara, I. / Nakahira, K. / Yamane, T. / Kaieda, S. / Mayanagi, K. / Hamada, D. / Fukui, T. / Ohnishi, K. / Kajiyama, S. / Shimizu, T. / Sato, M. / Ikegami, T. / Ikeguchi, M. / Honda, T. / Hashimoto, H.
履歴
登録2009年8月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thermostable direct hemolysin 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6601
ポリマ－18,6601
非ポリマー00
水3,495194
1
A: Thermostable direct hemolysin 2

A: Thermostable direct hemolysin 2

A: Thermostable direct hemolysin 2

A: Thermostable direct hemolysin 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,6384
ポリマ－74,6384
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.066, 63.066, 83.045
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 Thermostable direct hemolysin 2 / Thermostable Direct Hemolysin / Kanagawa phenomenon-associated hemolysin


分子量: 18659.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
遺伝子: tdh / プラスミド: pKK223-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19250
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細SEE REFERENCE 1 AND 4 IN UNP DATABASE P19250 (HLY2_VIBPA)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10.6
詳細: Lithium sulfate, pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL41XU11
シンクロトロンPhoton Factory AR-NW12A21.0395
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2007年4月14日
ADSC QUANTUM 2102CCD2007年6月1日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.03951
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 25349 / % possible obs: 97.5 % / Rmerge(I) obs: 0.046
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / Rmerge(I) obs: 0.28 / % possible all: 79.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.5.0066精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 2.047 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.064 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17049 1291 5.1 %RANDOM
Rwork0.13209 ---
obs0.13411 24046 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.607 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.68 Å20 Å20 Å2
2--0.68 Å20 Å2
3----1.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1230 0 0 194 1424
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0221291
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021084
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7731.9241760
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg6.30132545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8095165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.04925.15266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.95615215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg27.023154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.2190
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021472
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0120.02270
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1591.5783
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9451.5320
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.25421279
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3313508
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.5054.5475
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.01732375
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free10.8473194
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.75232339
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 80 -
Rwork0.195 1381 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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