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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3a51 | ||||||
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タイトル | Structure of cytochrome P450 Vdh mutant (Vdh-K1) obtained by directed evolution with bound 25-hydroxyvitamin D3 | ||||||
要素 | Vitamin D hydroxylase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 / vitamin D3 hydroxylase / hemoprotein / monooxygenase / directed evolution | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cholestanetriol 26-monooxygenase / : / cholestanetetraol 26-dehydrogenase activity / : / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudonocardia autotrophica (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Yasutake, Y. / Fujii, Y. / Cheon, W.K. / Arisawa, A. / Tamura, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010 タイトル: Structural evidence for enhancement of sequential vitamin D3 hydroxylation activities by directed evolution of cytochrome P450 vitamin D3 hydroxylase 著者: Yasutake, Y. / Fujii, Y. / Nishioka, T. / Cheon, W.K. / Arisawa, A. / Tamura, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3a51.cif.gz | 429.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3a51.ent.gz | 349.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3a51.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3a51_validation.pdf.gz | 3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3a51_full_validation.pdf.gz | 3.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3a51_validation.xml.gz | 87.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3a51_validation.cif.gz | 123.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/3a51 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/3a51 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 45587.887 Da / 分子数: 5 / 変異: T70R, V156L, E216M, E384R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudonocardia autotrophica (バクテリア) 株: NBRC 12743 / 遺伝子: vdh / プラスミド: pET22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C4B644 |
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-非ポリマー , 6種, 1344分子
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / #3: 化合物 | ChemComp-VDY / #4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-ACT / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.28 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M calcium acetate, 10.8% PEG3350, pH7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月1日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 170383 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 29.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 32.5 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.594 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 16867 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3A4G 解像度: 2→45.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 3.887 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.419 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→45.6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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