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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3a0c | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of an anti-HIV mannose-binding lectin from Polygonatum cyrtonema Hua | ||||||
要素 | Mannose/sialic acid-binding lectin | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / beta-prism II / Lectin | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Polygonatum cyrtonema (植物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Ding, J. / Wang, D.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2010 タイトル: Crystal structures of a novel anti-HIV mannose-binding lectin from Polygonatum cyrtonema Hua with unique ligand-binding property and super-structure 著者: Ding, J. / Bao, J. / Zhu, D. / Zhang, Y. / Wang, D.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3a0c.cif.gz | 94.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3a0c.ent.gz | 72.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3a0c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3a0c_validation.pdf.gz | 454.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3a0c_full_validation.pdf.gz | 478.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3a0c_validation.xml.gz | 20.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3a0c_validation.cif.gz | 27.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/3a0c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/3a0c | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11962.332 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 29-138 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polygonatum cyrtonema (植物) / 株: Hua / 参照: UniProt: Q8L568 #2: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | 配列の詳細 | THE CONFLICT BETWEEN THE SEQUENCE OF THE PROTEIN AND DATABASE (UNP Q8L568; Q8L568_9ASP) MAY BE ...THE CONFLICT BETWEEN THE SEQUENCE OF THE PROTEIN AND DATABASE (UNP Q8L568; Q8L568_9ASP) MAY BE ARISED FROM THE NATURAL MUTATION IN THE PROTEIN OR THE ERRORS IN CDNA SEQEUNCING | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.77 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 65% MPD, 5mM EDTA, 0.1M HEPES pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A |
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検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. all: 28731 / Num. obs: 28647 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 20.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.084 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.258 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 4146 / Rsym value: 0.258 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1MSA 解像度: 2→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: used twin_lsq target, twinning operator= h,-k,-l twinning fraction= 0.398; the twinned data was used for refinement, so no detwinned data is available.
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原子変位パラメータ | Biso max: 71.92 Å2 / Biso mean: 31.9 Å2 / Biso min: 10.68 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.07 Å
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