+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3i2q | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of the hairpin ribozyme with 2'OMe substrate strand and N1-deazaadenosine at position A9 | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | RNA / hairpin ribozyme / N1-deazaadenosine | ||||||
機能・相同性 | COBALT HEXAMMINE(III) / DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10) / RNA / RNA (> 10)![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wedekind, J.E. / Spitale, R.C. / Krucinska, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Single-atom imino substitutions at A9 and A10 reveal distinct effects on the fold and function of the hairpin ribozyme catalytic core. 著者: Spitale, R.C. / Volpini, R. / Mungillo, M.V. / Krucinska, J. / Cristalli, G. / Wedekind, J.E. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 47 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 32.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 425.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 428.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | THE BIOLOGICAL UNIT IS THE SAME AS AN ASYMMETRIC UNIT |
-
要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 4372.663 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: The RNA was synthesized by Dharmacon Inc., following the tobacco ringspot virus sequence |
---|---|
#2: DNA/RNAハイブリッド | 分子量: 9762.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: The RNA was synthesized by Dharmacon Inc., following the tobacco ringspot virus sequence |
#3: RNA鎖 | 分子量: 5991.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: The RNA was synthesized by Dharmacon Inc., following the tobacco ringspot virus sequence |
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#5: 化合物 | ChemComp-NCO / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.05 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Well solutions contained 20.5% w/v PEG 2000 MME, 0.10 M Na cacodylate, pH 6.5 or 7.0, 0.25 M Li2SO4, 2.5 mM Co(NH3)6Cl3 and 2 mM Spermidine-HCl. Crystals grew as hexagonal rods or plates and ...詳細: Well solutions contained 20.5% w/v PEG 2000 MME, 0.10 M Na cacodylate, pH 6.5 or 7.0, 0.25 M Li2SO4, 2.5 mM Co(NH3)6Cl3 and 2 mM Spermidine-HCl. Crystals grew as hexagonal rods or plates and reached a size of 0.3 mm x 0.2 mm x 0.2 mm in approximately 3 weeks, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月29日 詳細: Vertical focusing mirror, single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing) |
放射 | モノクロメーター: Si(111) single crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 9310 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 132.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 7.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.361 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 1645 / % possible all: 99.8 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 2OUE 解像度: 2.9→40.42 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 62866.93 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
| ||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.7653 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 73 Å2
| ||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→40.42 Å
| ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.042 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|