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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 398d | ||||||
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タイトル | 3'-DNA-RNA-5' JUNCTION FORMED DURING INITIATION OF MINUS-STRAND SYNTHESIS OF HIV REPLICATION | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA-RNA HYBRID / A-DNA/RNA / DOUBLE HELIX | ||||||
機能・相同性 | DNA/RNA hybrid / RNA 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.94 Å | ||||||
データ登録者 | Mueller, U. / Meier, G. / Mochi-Onori, A. / Cellai, L. / Heumann, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998 タイトル: Crystal structure of an eight-base pair duplex containing the 3'-DNA-RNA-5' junction formed during initiation of minus-strand synthesis of HIV replication. 著者: Mueller, U. / Maier, G. / Mochi Onori, A. / Cellai, L. / Heumann, H. / Heinemann, U. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 398d.cif.gz | 29.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb398d.ent.gz | 18.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 398d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/98/398d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/98/398d | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 2581.601 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: DNA/RNAハイブリッド | 分子量: 2451.580 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.46 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.94→15 Å / Num. obs: 7612 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 24.44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 7.4 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.94→2.04 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.416 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 93.1 | ||||||||||||
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.94 Å / 最低解像度: 15 Å / % possible obs: 99.2 % | ||||||||||||
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 1.96 Å / % possible obs: 93.1 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: CANONICAL A-RNA MODEL OF IDENTICAL SIZE AND SEQUENCE 解像度: 1.94→15 Å / 交差検証法: RANDOM IN THIN SHELLS / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 24.01 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.94→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.94→2.03 Å / Total num. of bins used: 8 /
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: DNA-RNA-MULTI-ENDO.PARAM / Topol file: DNA-RNA-MULTI-ENDO.TOP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.94 Å / 最低解像度: 15 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |