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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 380d | ||||||||||||||||||
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タイトル | BINDING OF THE MODIFIED DAUNORUBICIN WP401 ADJACENT TO A T-G BASE PAIR INDUCES THE REVERSE WATSON-CRICK CONFORMATION: CRYSTAL STRUCTURES OF THE WP401-TGGCCG AND WP401-CGG[BR5C]CG COMPLEXES | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / RIGHT HANDED DNA / DOUBLE HELIX / MODIFIED | 機能・相同性 | 2'-BROMO-4'-EPIDAUNORUBICIN / DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 解像度: 2 Å | データ登録者 | Dutta, R. / Gao, Y.-G. / Priebe, W. / Wang, A.H.-J. | 引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1998 | タイトル: Binding of the modified daunorubicin WP401 adjacent to a T-G base pair induces the reverse Watson-Crick conformation: crystal structures of the WP401-TGGCCG and WP401-CGG[br5C]CG complexes. 著者: Dutta, R. / Gao, Y.G. / Priebe, W. / Wang, A.H. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 380d.cif.gz | 18.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb380d.ent.gz | 12.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 380d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 380d_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 380d_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 380d_validation.xml.gz | 3.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 380d_validation.cif.gz | 4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/80/380d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/80/380d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1903.128 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.39 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 / 詳細: pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, temperature 298.00K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年7月22日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→10 Å / Num. obs: 3416 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 0.06 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 10 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→10 Å / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |