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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 367d | ||||||||||||||||||
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タイトル | 1.2 A STRUCTURE DETERMINATION OF THE D(CG(5-BRU)ACG)2/5-BROMO-9-AMINO-DACA COMPLEX | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-D(*キーワード | DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG / MODIFIED | 機能・相同性 | BROMIDE ION / Chem-DA5 / DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.2 Å | データ登録者 | Todd, A.K. / Adams, A. / Thorpe, J.H. / Denny, W.A. / Cardin, C.J. | 引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1999 | タイトル: Major groove binding and 'DNA-induced' fit in the intercalation of a derivative of the mixed topoisomerase I/II poison N-(2-(dimethlyamino)ethyl)acridine-4-carboxamide (DACA) into DNA: ...タイトル: Major groove binding and 'DNA-induced' fit in the intercalation of a derivative of the mixed topoisomerase I/II poison N-(2-(dimethlyamino)ethyl)acridine-4-carboxamide (DACA) into DNA: X-ray structure complexed to d(CG(5Br-U)ACG)2 at 1.3-angstrom resolution 著者: Todd, A.K. / Adams, A. / Thorpe, J.H. / Denny, W.A. / Wakelin, L.P.G. / Cardin, C.J. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 367d.cif.gz | 30.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb367d.ent.gz | 20.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 367d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 367d_validation.pdf.gz | 510.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 367d_full_validation.pdf.gz | 527 KB | 表示 | |
XML形式データ | 367d_validation.xml.gz | 4.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 367d_validation.cif.gz | 6.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/67/367d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/67/367d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1795.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年4月20日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI 111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.2→12 Å / Num. obs: 11570 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 3.242 % / Rmerge(I) obs: 0.07 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.2→100 Å / Num. parameters: 3299 / Num. restraintsaints: 7900 / 交差検証法: NONE
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Refine analyze | Num. disordered residues: 1 / Occupancy sum hydrogen: 415 / Occupancy sum non hydrogen: 0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→100 Å
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拘束条件 |
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