ソフトウェア | 名称 | 分類 |
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AMoRE | 位相決定 | SHELXL-96 | 精密化 | DENZO | データ削減 | SCALEPACK | データスケーリング |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: MODIFIED NDB ENTRY ZDF002 (PDB ENTRY 1DCG) 解像度: 1.3→10 Å / Num. parameters: 3018 / Num. restraintsaints: 2782 / σ(F): 0 詳細: RESTRAINED ANISOTROPIC REFINEMENT OF NON-HYDROGEN ATOMS. ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY 1.4%.
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.173 | 7005 | 10 % |
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all | 0.12 | 7005 | - |
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obs | 0.117 | 7005 | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201 |
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Refine Biso | クラス | Refine-ID | 詳細 | Treatment |
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ALL ATOMSX-RAY DIFFRACTION | TRanisotropicALL WATERSX-RAY DIFFRACTION | TRanisotropic | | | | | |
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Refine analyze | Num. disordered residues: 1 / Occupancy sum hydrogen: 138 / Occupancy sum non hydrogen: 332 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→10 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 0 | 243 | 14 | 78 | 335 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | s_bond_d0 | X-RAY DIFFRACTION | s_angle_d0 | X-RAY DIFFRACTION | s_similar_dist0 | X-RAY DIFFRACTION | s_from_restr_planes0 | X-RAY DIFFRACTION | s_zero_chiral_vol0 | X-RAY DIFFRACTION | s_non_zero_chiral_vol0 | X-RAY DIFFRACTION | s_anti_bump_dis_restr0.016 | X-RAY DIFFRACTION | s_rigid_bond_adp_cmpnt0.005 | X-RAY DIFFRACTION | s_similar_adp_cmpnt0.022 | X-RAY DIFFRACTION | s_approx_iso_adps0.065 | | | | | | | | | | |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-96 / 分類: refinement |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.3 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.12 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS |
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