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- PDB-362d: THE STRUCTURE OF D(TGCGCA)2 AND A COMPARISON TO OTHER Z-DNA HEXAMERS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 362d
タイトルTHE STRUCTURE OF D(TGCGCA)2 AND A COMPARISON TO OTHER Z-DNA HEXAMERS
要素DNA (5'-D(*TP*GP*CP*GP*CP*A)-3')
キーワードDNA (デオキシリボ核酸) / Z-DNA (Z-DNA) / DOUBLE HELIX
機能・相同性COBALT HEXAMMINE(III) / デオキシリボ核酸
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Harper, N.A. / Brannigan, J.A. / Buck, M. / Lewis, R.J. / Moore, M.H. / Schneider, B.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: Structure of d(TGCGCA)2 and a comparison to other DNA hexamers.
著者: Harper, A. / Brannigan, J.A. / Buck, M. / Hewitt, L. / Lewis, R.J. / Moore, M.H. / Schneider, B.
履歴
登録1997年8月20日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
置き換え1997年11月18日ID: 347D
改定 1.01997年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*GP*CP*A)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*GP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,9414
ポリマ－3,6182
非ポリマー3222
水1,40578
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)21.162, 28.670, 44.335
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*CP*GP*CP*A)-3')


分子量: 1809.218 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 %
結晶化pH: 6 / 詳細: pH 6.00
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 38 %
結晶化
*PLUS
温度: 291 K / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: drops of 6 micro litter total volume obtained by combining 3 micro litter of stock solution with 3 micro litter of mother liquor
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12 mMsingle-stranded hexamer1drop
250 mMsodium cacodylate1reservoir
31 mMcobalt hexammine1reservoir
45 mMargininamide chloride1reservoir
530 %(v/v)MPD1reservoir
65 %(v/v)PEG4001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年9月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→24 Å / Num. obs: 7024 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Mean I/σ(I) obs: 23.6 / % possible all: 87.4
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 87.4 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
SHELXL-96精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: MODIFIED NDB ENTRY ZDF002 (PDB ENTRY 1DCG)

1dcg


解像度: 1.3→10 Å / Num. parameters: 3018 / Num. restraintsaints: 2782 / σ(F): 0
詳細: RESTRAINED ANISOTROPIC REFINEMENT OF NON-HYDROGEN ATOMS. ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY 1.4%.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.173 7005 10 %
all0.12 7005 -
obs0.117 7005 -
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201
Refine Biso
クラスRefine-ID詳細Treatment
ALL ATOMSX-RAY DIFFRACTIONTRanisotropic
ALL WATERSX-RAY DIFFRACTIONTRanisotropic
Refine analyzeNum. disordered residues: 1 / Occupancy sum hydrogen: 138 / Occupancy sum non hydrogen: 332
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 243 14 78 335
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.016
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.022
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.065
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-96 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.3 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.12
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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