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万見
- PDB-361d: CRYSTAL STRUCTURE OF DOMAIN E OF THERMUS FLAVUS 5S RRNA: A HELICA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 361d
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF DOMAIN E OF THERMUS FLAVUS 5S RRNA: A HELICAL RNA-STRUCTURE INCLUDING A TETRALOOP
要素RNA (5'-R(*CP*UP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*GP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*CP*C P*UP*GP*G)-3')
キーワードRNA / SINGLE STRAND / TETRALOOP / HAIRPIN / MISMATCHED
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3 Å
データ登録者Perbandt, M. / Nolte, A. / Lorenz, S. / Erdmann, V.A. / Betzel, C.
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of domain E of Thermus flavus 5S rRNA: a helical RNA structure including a hairpin loop.
著者: Perbandt, M. / Nolte, A. / Lorenz, S. / Bald, R. / Betzel, C. / Erdmann, V.A.
履歴
登録1997年11月10日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01998年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*CP*UP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*GP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*CP*C P*UP*GP*G)-3')
B: RNA (5'-R(*CP*UP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*GP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*CP*C P*UP*GP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9702
ポリマ－12,9702
非ポリマー00
水3,981221
1
A: RNA (5'-R(*CP*UP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*GP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*CP*C P*UP*GP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,4851
ポリマ－6,4851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RNA (5'-R(*CP*UP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*GP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*CP*C P*UP*GP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,4851
ポリマ－6,4851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.680, 42.680, 161.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*CP*UP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*GP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*CP*C P*UP*GP*G)-3') / DOMAIN E OF THERMUS FLAVUS 5S RRNA


分子量: 6484.910 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.00
結晶化
*PLUS
温度: 4-50 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
詳細: drop solution was mixed with an equal volume of reservoir solution
溶液の組成
*PLUS
濃度: 0.5 mM / 一般名: RNA

-
データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 4702 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.25 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 8.75
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 1.87 % / Rmerge(I) obs: 0.448 / Mean I/σ(I) obs: 1.86 / Rsym value: 0.448 / % possible all: 96
反射
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 30 Å / % possible obs: 93.6 %
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 2.9 Å / % possible obs: 96 % / 冗長度: 1.87 % / Mean I/σ(I) obs: 1.86

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化開始モデル: 16NT FRAGMENT OF DOMAINA FROM 5SRNA

16nt


解像度: 3→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.318 183 5 %RANDOM
Rwork0.241 ---
obs0.241 3667 97.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 30.4 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.45 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 858 0 221 1079
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.73
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d3.17
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3→3.3 Å / Rfactor Rfree error: 0.06 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 18 5 %
Rwork0.321 358 -
obs--96.2 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: DNA-RNA.PARAM / Topol file: DNA-RNA.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 15 Å / Num. reflection obs: 2990 / σ(F): 0
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.1
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.321

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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