ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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X-PLOR | | モデル構築 | X-PLOR | 3.1 | 精密化 | R-AXIS | | データ削減 | X-PLOR | | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: CGC:GCG FRAGMENT OF ARL048 解像度: 2.52→12 Å / σ(F): 3 詳細: NUCLEIC ACID RNA-DNA PARAMETER FILE: G. PARKINSON,ET AL. (1996) ACTA CRYST. D52, 57-64
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.266 | - | 10 % |
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Rwork | 0.246 | - | - |
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obs | 0.246 | 1014 | - |
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Refine Biso | クラス | Refine-ID | 詳細 | Treatment |
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ALL ATOMSX-RAY DIFFRACTION | TRisotropicALL WATERSX-RAY DIFFRACTION | TRisotropic | | | | | |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.52→12 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 0 | 170 | 1 | 6 | 177 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | x_bond_d0.016 | X-RAY DIFFRACTION | x_bond_d_na | X-RAY DIFFRACTION | x_bond_d_prot | X-RAY DIFFRACTION | x_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | x_angle_d_na | X-RAY DIFFRACTION | x_angle_d_prot | X-RAY DIFFRACTION | x_angle_deg1.4 | X-RAY DIFFRACTION | x_angle_deg_na | X-RAY DIFFRACTION | x_angle_deg_prot | X-RAY DIFFRACTION | x_dihedral_angle_d11 | X-RAY DIFFRACTION | x_dihedral_angle_d_na | X-RAY DIFFRACTION | x_dihedral_angle_d_prot | X-RAY DIFFRACTION | x_improper_angle_d1.39 | X-RAY DIFFRACTION | x_improper_angle_d_na | X-RAY DIFFRACTION | x_improper_angle_d_prot | X-RAY DIFFRACTION | x_mcbond_it | X-RAY DIFFRACTION | x_mcangle_it | X-RAY DIFFRACTION | x_scbond_it | X-RAY DIFFRACTION | x_scangle_it | | | | | | | | | | | | | | | | | | | |
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: TOPOL_BERMAN.RNA / Topol file: PARAM_BERMAN.RNA |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.52 Å / 最低解像度: 12 Å / σ(F): 3 / % reflection Rfree: 10 % |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | x_angle_deg1.4 | X-RAY DIFFRACTION | x_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | x_dihedral_angle_deg11 | X-RAY DIFFRACTION | x_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | x_improper_angle_deg1.39 | | | | | |
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