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万見
- PDB-2zzt: Crystal structure of the cytosolic domain of the cation diffusion... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zzt
タイトルCrystal structure of the cytosolic domain of the cation diffusion facilitator family protein
要素Putative uncharacterized protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / cation diffusion facilitator (CDF) / transporter / zinc / membrane protein / cytosolic domain
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic cation transmembrane transporter activity / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Cation efflux protein, cytoplasmic domain / Cation efflux protein, cytoplasmic domain / : / Dimerisation domain of Zinc Transporter / Cation efflux protein, cytoplasmic domain superfamily / Cation efflux protein / Cation efflux transmembrane domain superfamily / Cation efflux family / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cation efflux protein cytoplasmic domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.842 Å
データ登録者Higuchi, T. / Hattori, M. / Tanaka, Y. / Ishitani, R. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of the cytosolic domain of the cation diffusion facilitator family protein
著者: Higuchi, T. / Hattori, M. / Tanaka, Y. / Ishitani, R. / Nureki, O.
履歴
登録2009年2月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2403
ポリマ－13,0481
非ポリマー1922
水181
1
A: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子

A: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4806
ポリマ－26,0962
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation18_444-x-2/3,-x+y-1/3,-z-1/31
Buried area1430 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area9940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.719, 97.719, 83.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1-

SO4

21A-2-

SO4

31A-2-

SO4

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein / cation diffusion facilitator


分子量: 13048.062 Da / 分子数: 1 / 断片: cytosolic domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: MS8 / 遺伝子: CDF / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q9WZX9
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.6-2.0M ammonium sulfate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 0.97923, 0.97939, 0.96416
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月26日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979231
20.979391
30.964161
反射解像度: 2.84→50 Å / Num. obs: 3707 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 93.19 Å2 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 32.5
反射 シェル解像度: 2.84→2.89 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Rsym value: 0.284 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.842→29.863 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.751 / SU ML: 0.51 / σ(F): 2.26 / 位相誤差: 30.86 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: The F(+) AND F(-) were used for the refinement. Thus, the total nuber of the reflection is 6611.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 296 4.48 %
Rwork0.235 --
obs0.236 3707 94.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 92.016 Å2 / ksol: 0.321 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 133.7 Å2 / Biso mean: 87.821 Å2 / Biso min: 61.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.255 Å2-0 Å20 Å2
2---9.255 Å2-0 Å2
3---13.838 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.842→29.863 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数658 0 10 1 669
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014684
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.475901
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087104
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004117
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.696248
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 2

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.842-2.890.3291670.2783274344199
3.579-29.8650.2331290.2223041317090

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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