PDB-6kcp: Shuguo PWWP in complex with ssDNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6kcp

タイトル

Shuguo PWWP in complex with ssDNA

要素

DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*T)-3')
LD23804p

キーワード

DNA BINDING PROTEIN/DNA / Shuguo / PWWP / histone reader / DNA binding / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / chromatin remodeling / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Liu, Y.C. / Huang, Y.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Shuguo PWWP in complex with ssDNA
著者: Liu, Y.C. / Huang, Y.

履歴

登録	2019年6月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6kcp.cif.gz	91.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6kcp.ent.gz	68.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6kcp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6kcp_validation.pdf.gz	459.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6kcp_full_validation.pdf.gz	462.6 KB	表示
XML形式データ	6kcp_validation.xml.gz	19.9 KB	表示
CIF形式データ	6kcp_validation.cif.gz	29.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/6kcp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/6kcp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6kcoC 6kd6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7c3f-8 6kd6-1 6bkl-d 4k6y-d 4e34-d 3u15-1 2k5i-d 3uo3-2 1hst-d 3b2g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: LD23804p

B: LD23804p

C: LD23804p

E: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*T)-3')

D: LD23804p

40.1 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: LD23804p

B: LD23804p

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
19.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: LD23804p

D: LD23804p

E: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*T)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.829, 51.076, 59.205
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.77, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	LD23804p 分子量: 9658.010 Da / 分子数: 4 / 断片: PWWP domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Dmel\CG7946, CG7946, Dmel_CG7946 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9VAA9
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(PTPTPTPTPT)-3') 分子量: 1476.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ*: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 473 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.38 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, 25% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97776 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97776 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 27752 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 17.8
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / R_merge(I) obs: 0.291 / Num. unique obs: 2779

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6KD6

6kd6

解像度: 1.8→26.162 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.85

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2187	2014	7.27 %
R_work	0.1818	-	-
obs	0.1845	27711	99.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→26.162 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2688	40	0	473	3201

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2794
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.827	3765
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.277	1681
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	394
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	471

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7981-1.8431	0.2751	144	0.2076	1787	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8431-1.8929	0.2354	138	0.1942	1831	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8929-1.9486	0.2201	141	0.1927	1803	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9486-2.0114	0.2465	144	0.2	1839	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0114-2.0833	0.2331	146	0.1799	1833	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0833-2.1667	0.2332	138	0.1718	1846	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1667-2.2652	0.1751	140	0.1781	1836	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2652-2.3846	0.2501	141	0.1881	1832	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3846-2.5339	0.246	145	0.1921	1823	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5339-2.7293	0.2366	147	0.1938	1826	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7293-3.0036	0.2266	148	0.1898	1854	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0036-3.4374	0.2513	141	0.1728	1837	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4374-4.3276	0.1658	146	0.1632	1863	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3276-26.1646	0.204	155	0.1823	1887	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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