PDB-2zz2: Orotidine Monophosphate Decarboxylase K72A mutant from M. thermoa...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2zz2

タイトル

Orotidine Monophosphate Decarboxylase K72A mutant from M. thermoautotrophicum complexed with 6-cyano-UMP

要素

Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

キーワード

LYASE / OROTIDINE 5'-MONOPHOSPHATE DECARBOXYLASE (ODCASE) / 6-CYANOUMP OMP decarboxylase / OMPDC / OMPDCASE / Decarboxylase / Pyrimidine biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.53 Å

データ登録者

Fujihashi, M. / Pai, E.F.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural characterization of the molecular events during a slow substrate-product transition in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase
著者: Fujihashi, M. / Wei, L. / Kotra, L.P. / Pai, E.F.

履歴

登録	2009年2月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年3月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2021年11月10日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2zz2.cif.gz	107.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2zz2.ent.gz	81.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2zz2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2zz2_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2zz2_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	2zz2_validation.xml.gz	21.2 KB	表示
CIF形式データ	2zz2_validation.cif.gz	30.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/2zz2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/2zz2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2zz1C 2zz3C 2zz4C 2zz5C 2zz6C 2zz7C 1x1zS 1dv7 1lor 1los 1lp6 2e6y S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3nqa-d 5vyh-d 3pbu-d 3qmt-d 4o8r-3 3g1d-d 3nqm-d 3wk0-1 3lty-d 3lts-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

B: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

ヘテロ分子

55.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.086, 73.819, 59.323
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 119.30, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / OMP DECARBOXYLASE / OMPDCASE / OMPDECASE 分子量: 27321.299 Da / 分子数: 2 / 変異: K72A,R226L,I227N / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) プラスミド: PET15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) 参照: UniProt: O26232, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-6CN / 6-cyanouridine 5'-phosphate / 6-シアノウリジン5′-りん酸分子量: 349.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₂N₃O₉P
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	ACCORDING TO DEPOSITORS, PRO101 IS CORRECT AND UNIPORT IS PROBABLY INCORRECT AT THIS POSITION. ...ACCORDING TO DEPOSITORS, PRO101 IS CORRECT AND UNIPORT IS PROBABLY INCORRECT AT THIS POSITION. DEPOSITORS SEQUENCED THE GENOME FROM M. THERMOAUTOTROPHICUM AND CONFIRMD IT IS PRO.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.4 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法詳細: 1.2-1.36M Sodium Citrate, 5% dioxiane, pH 6.0-8.5, VAPOR DIFFUSION PH範囲: 6.0-8.5

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月6日 / 詳細: default
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.53→100 Å / Num. obs: 62518 / % possible obs: 95.6 % / B_iso Wilson estimate: 14 Å² / R_sym value: 0.055 / Net I/σ(I): 22.1
反射シェル	解像度: 1.53→1.56 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / R_sym value: 0.299

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 1x1z

1x1z

解像度: 1.53→51.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 2.409 / SU ML: 0.043 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.075 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1873	3091	4.9 %	same flag with 1x1z
R_work	0.15947	-	-	-
obs	0.16085	59403	95.49 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.179 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.04 Å²	0 Å²	-0.23 Å²
2-	-	0.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.53→51.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3252	0	70	295	3617

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	3543
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.646	1.998	4802
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.465	5	452
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.899	23.333	153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.696	15	602
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.019	15	35
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	555
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2653
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	1774
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.313	0.2	2423
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.125	0.2	265
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.218	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.121	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.133	1.5	2310
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.62	2	3607
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.931	3	1360
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.736	4.5	1195
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.533→1.573 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.298	196	-
R_work	0.221	3493	-
obs	-	-	76.66 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1566	-0.0147	0.0356	0.1298	-0.0481	0.2672	0.0127	0.0163	-0.0104	-0.0286	-0.0124	0.0021	0.0493	0.001	-0.0003	0.0007	0.0059	-0.0017	-0.0102	0.0026	-0.0078	24.8235	-24.9503	14.6542
2	0.1598	0.0244	-0.0133	0.1312	-0.0469	0.2732	0.0093	-0.0167	0.0103	0.027	-0.0116	-0.0006	-0.0533	-0.0035	0.0023	0.0004	-0.0051	0.0035	-0.0095	0.0029	-0.007	24.8214	-10.488	37.0813

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	11 - 225
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	301
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	401 - 414
4	X-RAY DIFFRACTION	1	B	463
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	11 - 225
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	302
7	X-RAY DIFFRACTION	2	B	421 - 434
8	X-RAY DIFFRACTION	2	B	464

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)