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- PDB-2zxe: Crystal structure of the sodium - potassium pump in the E2.2K+.Pi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zxe
タイトルCrystal structure of the sodium - potassium pump in the E2.2K+.Pi state
要素
  • Na+,K+-ATPase beta subunit
  • Na, K-ATPase alpha subunit
  • Phospholemman-like protein
キーワードHYDROLASE/TRANSPORT PROTEIN / membrane protein / ion pump / ATPase / K+ binding / Haloacid dehydrogenease superfamily / phosphate analogue / ATP-binding / Hydrolase / Ion transport / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / HYDROLASE-TRANSPORT PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of monoatomic ion transport / P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / sodium:potassium-exchanging ATPase complex / sodium ion export across plasma membrane / intracellular sodium ion homeostasis / potassium ion import across plasma membrane / intracellular potassium ion homeostasis / ATPase activator activity / sodium channel regulator activity / monoatomic ion transport ...regulation of monoatomic ion transport / P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / sodium:potassium-exchanging ATPase complex / sodium ion export across plasma membrane / intracellular sodium ion homeostasis / potassium ion import across plasma membrane / intracellular potassium ion homeostasis / ATPase activator activity / sodium channel regulator activity / monoatomic ion transport / proton transmembrane transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Na, k-atpase alpha subunit. / Ion-transport regulator, FXYD motif / : / ATP1G1/PLM/MAT8 family / FXYD family signature. / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta ...Na, k-atpase alpha subunit. / Ion-transport regulator, FXYD motif / : / ATP1G1/PLM/MAT8 family / FXYD family signature. / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta superfamily / : / Sodium / potassium ATPase beta chain / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 1. / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 2. / P-type ATPase subfamily IIC, subunit alpha / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation transport ATPase (P-type) / E1-E2 ATPase / HAD superfamily/HAD-like / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Distorted Sandwich / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / : / TETRAFLUOROMAGNESATE(2-) / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha / FXYD domain-containing ion transport regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Squalus acanthias (アブラツノザメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Shinoda, T. / Ogawa, H. / Cornelius, F. / Toyoshima, C.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of the sodium - potassium pump at 2.4 A resolution
著者: Shinoda, T. / Ogawa, H. / Cornelius, F. / Toyoshima, C.
履歴
登録2008年12月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Na, K-ATPase alpha subunit
B: Na+,K+-ATPase beta subunit
G: Phospholemman-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,98611
ポリマ－156,7113
非ポリマー1,2748
水2,342130
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6700 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area55460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)223.815, 50.914, 163.786
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.12, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

-
タンパク質 , 3種, 3分子 ABG

#1: タンパク質 Na, K-ATPase alpha subunit / Na+ / K+-ATPase alpha subunit


分子量: 113309.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Squalus acanthias (アブラツノザメ) / Secretion: rectal gland / 参照: UniProt: Q4H132
#2: タンパク質 Na+,K+-ATPase beta subunit


分子量: 35176.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Squalus acanthias (アブラツノザメ) / Secretion: rectal gland / 参照: UniProt: C4IX13*PLUS
#3: タンパク質 Phospholemman-like protein / FXYD10


分子量: 8225.446 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Squalus acanthias (アブラツノザメ) / Secretion: rectal gland / 参照: UniProt: Q70Q12

-
糖 , 2種, 2分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAca1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 136分子

#5: 化合物 ChemComp-MF4 / TETRAFLUOROMAGNESATE(2-) / MAGNESIUMTETRAFLUORIDE


分子量: 100.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: F4Mg
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#8: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THE CHAIN B DOES NOT CURRENTLY EXIST IN UNIPROT.

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.04 %
結晶化温度: 298 K / 手法: dialysis / pH: 7 / 詳細: pH 7.0, Dialysis, temperature 298K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9 Å
検出器
タイプID検出器
ADSC QUANTUM 3151CCD
RAYONIX MX225HE2CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 70710 / Num. obs: 70074 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 17 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 38.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.372 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 5155 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0072精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化開始モデル: 3B8E

3b8e


解像度: 2.4→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 21.123 / SU ML: 0.22 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.389 / ESU R Free: 0.262 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27124 3555 5.1 %RANDOM
Rwork0.24644 ---
obs0.24772 66157 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.782 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.05 Å20 Å2-1.99 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----3.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10131 0 79 130 10340
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.02210422
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0851.97714133
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.08451291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.77524.102451
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.955151785
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7871563
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.21607
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0217797
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5641.56440
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.032210412
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.86333982
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4674.53721
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.461 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 268 -
Rwork0.349 4590 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.02721.57490.51692.78860.71971.27750.06040.0006-0.06590.12190.053-0.16250.07440.1919-0.11350.01020.0089-0.02390.07040.00570.0838150.251540.032565.9876
21.0445-0.3679-0.11372.17970.89895.5221-0.3256-0.0609-0.15610.2963-0.1740.5471-0.1651-0.4530.49960.13610.02360.09630.0499-0.05220.2237111.911838.94677.8546
30.34290.0544-0.01971.0392-0.43371.08110.02520.06060.038-0.04120.0110.05120.10350.0401-0.03620.11080.0071-0.01950.03230.00380.0961131.886318.913755.2482
40.2187-0.0240.15190.11840.17292.04890.050.10030.01520.0282-0.0033-0.03330.11570.2503-0.04670.08670.051-0.01970.1665-0.00380.0128132.675616.79387.9076
53.57260.3568-0.57381.3890.20042.66620.20020.97790.2456-0.3613-0.2867-0.2372-0.2132-0.00970.08650.25340.18790.11570.63760.17990.0888143.364520.8554-36.9445
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A32 - 81
2X-RAY DIFFRACTION1A157 - 276
3X-RAY DIFFRACTION2A384 - 594
4X-RAY DIFFRACTION3A355 - 383
5X-RAY DIFFRACTION3A595 - 754
6X-RAY DIFFRACTION3A2001 - 2002
7X-RAY DIFFRACTION4A82 - 156
8X-RAY DIFFRACTION4A277 - 354
9X-RAY DIFFRACTION4A755 - 1023
10X-RAY DIFFRACTION4B35 - 72
11X-RAY DIFFRACTION4G8 - 46
12X-RAY DIFFRACTION4A2003
13X-RAY DIFFRACTION4A3001
14X-RAY DIFFRACTION5B73 - 305
15X-RAY DIFFRACTION5B4001 - 4021

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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