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万見
- PDB-2zxd: alpha-L-fucosidase complexed with inhibitor, iso-6FNJ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zxd
タイトルalpha-L-fucosidase complexed with inhibitor, iso-6FNJ
要素Alpha-L-fucosidase, putative
キーワードHYDROLASE / Tim Barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-L-fucosidase activity / fucose metabolic process / glycoside catabolic process / lysosome
類似検索 - 分子機能
Alpha-L-fucosidase, metazoa-type / Glycoside hydrolase, family 29 / Alpha-L-fucosidase / Alpha-L-fucosidase / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel ...Alpha-L-fucosidase, metazoa-type / Glycoside hydrolase, family 29 / Alpha-L-fucosidase / Alpha-L-fucosidase / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ZXD / Alpha-L-fucosidase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Wu, H.-J. / Ko, T.-P. / Ho, C.-W. / Lin, C.-H. / Wang, A.H.-J.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2010
タイトル: Structural basis of alpha-fucosidase inhibition by iminocyclitols with K(i) values in the micro- to picomolar range.
著者: Wu, H.J. / Ho, C.W. / Ko, T.P. / Popat, S.D. / Lin, C.H. / Wang, A.H.
履歴
登録2008年12月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-L-fucosidase, putative
B: Alpha-L-fucosidase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,5524
ポリマ－106,2022
非ポリマー3502
水9,998555
1
A: Alpha-L-fucosidase, putative
B: Alpha-L-fucosidase, putative
ヘテロ分子

A: Alpha-L-fucosidase, putative
B: Alpha-L-fucosidase, putative
ヘテロ分子

A: Alpha-L-fucosidase, putative
B: Alpha-L-fucosidase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)319,65712
ポリマ－318,6066
非ポリマー1,0516
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area12420 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area93330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)181.012, 181.012, 170.322
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-508-

HOH

21A-580-

HOH

31A-597-

HOH

41A-637-

HOH

51B-517-

HOH

61B-518-

HOH

71B-547-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Alpha-L-fucosidase, putative


分子量: 53100.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: MSB8 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9WYE2, alpha-L-fucosidase
#2: 化合物 ChemComp-ZXD / (2S,3R,4S,5R)-2-(1-methylethyl)piperidine-3,4,5-triol / 6,6-ジメチル-1,5-イミノ-1,5,6-トリデオキシ-L-ガラクチト-ル


分子量: 175.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 555 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.35 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 14% PEG 5000 MME, 0.1M Tris-HCl, pH 7.8, 5% Jeffamine M-600, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月14日
詳細: 1-m-long platimun-coated bent-cylinder focusing mirror
放射モノクロメーター: fix-exit double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→30 Å / Num. all: 58368 / Num. obs: 58320 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 37.5
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.547 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 5773 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
BSSデータ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB enrty 2zwz

2zwz


解像度: 2.15→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2027 2775 -RANDOM
Rwork0.1616 ---
all0.1636 58114 --
obs0.1636 54880 94.4 %-
溶媒の処理Bsol: 66.272 Å2
原子変位パラメータBiso max: 77.99 Å2 / Biso mean: 35.747 Å2 / Biso min: 15.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.715 Å2-1.237 Å20 Å2
2--1.715 Å20 Å2
3----3.43 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7278 0 24 555 7857
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.74739
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.018425
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.0503
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2436 296 -
Rwork0.1933 --
obs-5089 88.37 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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