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万見
- PDB-2zsv: Crystal structure of H-2Kb in complex with JHMV epitope S598 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zsv
タイトルCrystal structure of H-2Kb in complex with JHMV epitope S598
要素
  • 8-mer peptide from spike glycoprotein
  • Beta-2-microglobulin
  • H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Ig Fold / protein-protein interactions / subdominant epitope / Glycoprotein / Immune response / Membrane / MHC I / Transmembrane / Immunoglobulin domain / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


MHC class Ib protein complex / natural killer cell lectin-like receptor binding / TAP2 binding / TAP1 binding / cis-Golgi network membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / DAP12 signaling / ER-Phagosome pathway ...MHC class Ib protein complex / natural killer cell lectin-like receptor binding / TAP2 binding / TAP1 binding / cis-Golgi network membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / DAP12 signaling / ER-Phagosome pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / regulation of membrane depolarization / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP complex binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Golgi medial cisterna / inner ear development / CD8 receptor binding / beta-2-microglobulin binding / endoplasmic reticulum exit site / TAP binding / MHC class I protein binding / cellular defense response / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / T cell receptor binding / Neutrophil degranulation / 14-3-3 protein binding / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / regulation of iron ion transport / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of iron ion transport / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / iron ion transport / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / transferrin transport / MHC class I peptide loading complex / cellular response to iron ion / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of immune response / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / peptide antigen binding / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of T cell activation / negative regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of cellular senescence / sensory perception of smell / MHC class II protein complex binding / T cell differentiation in thymus / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / late endosome membrane / negative regulation of neuron projection development / antibacterial humoral response / protein refolding / protein-folding chaperone binding / cellular response to lipopolysaccharide / early endosome membrane / amyloid fibril formation / protein homotetramerization / defense response to Gram-negative bacterium / intracellular iron ion homeostasis / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / learning or memory / early endosome / receptor-mediated virion attachment to host cell / defense response to bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / endocytosis involved in viral entry into host cell / receptor ligand activity / fusion of virus membrane with host plasma membrane / Golgi membrane / signaling receptor binding / external side of plasma membrane / innate immune response / lysosomal membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / :
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, murine hepatitis virus-like / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like ...Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, murine hepatitis virus-like / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYSTEINE / Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain / Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Theodossis, A. / Dunstone, M.A. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2008
タイトル: Prevention of cytotoxic T cell escape using a heteroclitic subdominant viral T cell determinant.
著者: Butler, N.S. / Theodossis, A. / Webb, A.I. / Nastovska, R. / Ramarathinam, S.H. / Dunstone, M.A. / Rossjohn, J. / Purcell, A.W. / Perlman, S.
履歴
登録2008年9月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
E: 8-mer peptide from spike glycoprotein
F: 8-mer peptide from spike glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,48317
ポリマ－89,4406
非ポリマー1,04211
水11,097616
1
A: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
E: 8-mer peptide from spike glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1187
ポリマ－44,7203
非ポリマー3974
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4670 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area19380 Å2
手法PISA
2
C: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
F: 8-mer peptide from spike glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,36510
ポリマ－44,7203
非ポリマー6457
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5570 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area19230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.487, 89.539, 89.932
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.68, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D
13E
23F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYPROPROAA1 - 2781 - 278
21GLYGLYPROPROCC1 - 2781 - 278
12ILEILEMETMETBB1 - 991 - 99
22ILEILEMETMETDD1 - 991 - 99
13ARGARGILEILEEE1 - 81 - 8
23ARGARGILEILEFF1 - 81 - 8

NCSアンサンブル:
ID詳細
1A C
2B D
3E F

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain / H-2K(B)


分子量: 32068.777 Da / 分子数: 2 / 断片: extracellular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-K1, H2-K / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01901
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11704.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01887

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 EF

#3: タンパク質・ペプチド 8-mer peptide from spike glycoprotein


分子量: 947.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide is naturally found in Mouse Hepatitis Virus JHM strain
参照: UniProt: P11225*PLUS

-
非ポリマー , 3種, 627分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CYS / CYSTEINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 121.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2S
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 616 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.77 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 0.1M cacodylate, 16% PEG 8K, 0.2M Ca(OAc)2, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→24.46 Å / Num. all: 90277 / Num. obs: 90277 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 24.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.385 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 13114 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.4.0077精密化
CrystalClearデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1G7Q

1g7q


解像度: 1.8→24.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 2.785 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24975 4528 5 %RANDOM
Rwork0.21023 ---
obs0.21222 85747 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.616 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.66 Å20 Å2-0.23 Å2
2--1.3 Å2-0 Å2
3----0.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→24.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6164 0 66 616 6846
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0216486
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6181.9458823
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.395777
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.41323.639316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.873151024
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9311543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.2911
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0215055
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.35723881
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.34736284
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.18142605
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.67652537
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1094MEDIUM POSITIONAL0.120.5
12A1088LOOSE POSITIONAL0.275
11C1094MEDIUM THERMAL1.592
12C1088LOOSE THERMAL1.7210
21B392MEDIUM POSITIONAL0.040.5
22B402LOOSE POSITIONAL0.175
21D392MEDIUM THERMAL0.772
22D402LOOSE THERMAL1.110
31E32MEDIUM POSITIONAL0.040.5
32E32LOOSE POSITIONAL0.065
31F32MEDIUM THERMAL0.792
32F32LOOSE THERMAL1.2810
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.426 315 -
Rwork0.404 6245 -
obs--99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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