+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2zro | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | MsRecA ADP form IV | ||||||
![]() | Protein recA | ||||||
![]() | HYDROLASE / recombination / RecA mutants / DNA-REPAIR / ATP-binding / DNA damage / DNA recombination / DNA repair / DNA-binding / Nucleotide-binding / SOS response | ||||||
機能・相同性 | ![]() ATP-dependent DNA damage sensor activity / SOS response / single-stranded DNA binding / DNA recombination / damaged DNA binding / DNA repair / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Prabu, J.R. / Manjunath, G.P. / Chandra, N.R. / Muniyappa, K. / Vijayan, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Functionally important movements in RecA molecules and filaments: studies involving mutation and environmental changes 著者: Prabu, J.R. / Manjunath, G.P. / Chandra, N.R. / Muniyappa, K. / Vijayan, M. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 70.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 51.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 778.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 787.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2zr0C ![]() 2zr7C ![]() 2zr9C ![]() 2zraC ![]() 2zrbC ![]() 2zrcC ![]() 2zrdC ![]() 2zreC ![]() 2zrfC ![]() 2zrgC ![]() 2zrhC ![]() 2zriC ![]() 2zrjC ![]() 2zrkC ![]() 2zrlC ![]() 2zrmC ![]() 2zrnC ![]() 2zrpC ![]() 1ubcS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37344.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PTHIOA / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-ADP / |
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.97 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: 80mM citrate/phosphate buffer(pH 6.9), 80mM NaCl, 40mM ammonium acetate, 20mM sodium citrate, 6% poly-ethylene glycol 3350, 30% poly-ethylene glycol 3350, 200mM ammonium acetate in sodium ...詳細: 80mM citrate/phosphate buffer(pH 6.9), 80mM NaCl, 40mM ammonium acetate, 20mM sodium citrate, 6% poly-ethylene glycol 3350, 30% poly-ethylene glycol 3350, 200mM ammonium acetate in sodium citrate buffer(PH 5.8), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年12月15日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 10128 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 45.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 17.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.505 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 1447 / % possible all: 99.5 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1UBC 解像度: 2.9→29.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1166310.69 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.6131 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.8 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→29.5 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|