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- PDB-2zqx: Cytochrome P450BSbeta cocrystallized with heptanoic acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zqx
タイトルCytochrome P450BSbeta cocrystallized with heptanoic acid
要素Cytochrome P450 152A1
キーワードOXIDOREDUCTASE / Peroxigenese / Heme protein / Heptanoic acid / Heme / Iron / Metal-binding / Monooxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty-acid peroxygenase / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
: / Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Fatty-acid peroxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Shoji, O. / Fujishiro, T. / Nagano, S. / Hirose, T. / Shiro, Y. / Watanabe, Y.
引用ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2010
タイトル: Understanding substrate misrecognition of hydrogen peroxide dependent cytochrome P450 from Bacillus subtilis.
著者: Shoji, O. / Fujishiro, T. / Nagano, S. / Tanaka, S. / Hirose, T. / Shiro, Y. / Watanabe, Y.
履歴
登録2008年8月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32025年5月28日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 152A1
B: Cytochrome P450 152A1
C: Cytochrome P450 152A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,3936
ポリマ－144,5433
非ポリマー1,8493
水3,261181
1
A: Cytochrome P450 152A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7982
ポリマ－48,1811
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome P450 152A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7982
ポリマ－48,1811
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cytochrome P450 152A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7982
ポリマ－48,1811
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)172.230, 172.230, 277.919
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450 152A1 / P450BsBeta / Fatty acid beta-hydroxylase


分子量: 48181.066 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: cypC, CYP152A1, BSU02100 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15
参照: UniProt: O31440, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.1
詳細: 12.5%(w/v) PEG3350, 50mM Tris-HCl, 0.1m MgCl2, 20% glycerol, 20mM heptanoic acid, pH8.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 61629 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 40.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 23.92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ZQJ

2zqj


解像度: 2.37→44.57 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 3013 -RANDOM
Rwork0.229 ---
obs0.229 60161 93.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 40.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.35 Å22.69 Å20 Å2
2---2.35 Å20 Å2
3---4.7 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.3 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.37→44.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10017 0 129 181 10327
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1
LS精密化 シェル解像度: 2.37→2.52 Å / Rfactor Rfree error: 0.013
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 527 -
Rwork0.25 --
obs--95.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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