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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2zqn | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the earthworm R-type lectin C-half in complex with Lactose | ||||||||||||
![]() | 29-kDa galactose-binding lectin | ||||||||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / EARTHWORM LUMBRICUS TERRESTRIS / HEMAGGLUTININ / R-TYPE LECTIN / BETA-TREFOIL FOLD / SUGAR COMPLEX / Lectin | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Suzuki, R. / Kuno, A. / Hasegawa, T. / Hirabayashi, J. / Kasai, K. / Momma, M. / Fujimoto, Z. | ||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Sugar-complex structures of the C-half domain of the galactose-binding lectin EW29 from the earthworm Lumbricus terrestris 著者: Suzuki, R. / Kuno, A. / Hasegawa, T. / Hirabayashi, J. / Kasai, K. / Momma, M. / Fujimoto, Z. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray crystallographic studies of the C-terminal domain of galactose-binding lectin EW29 from the earthworm Lumbricus terrestris 著者: Suzuki, R. / Fujimoto, Z. / Kuno, A. / Hirabayashi, J. / Kasai, K. / Hasegawa, T. #2: ![]() タイトル: Tailoring a novel sialic acid-binding lectin from a ricin-B chain-like galactose-binding protein by natural evolution-mimicry 著者: Yabe, R. / Suzuki, R. / Kuno, A. / Fujimoto, Z. / Jigami, Y. / Hirabayashi, J. #3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998 タイトル: Novel galactose-binding proteins in Annelida. Characterization of 29-kDa tandem repeat-type lectins from the earthworm Lumbricus terrestris 著者: Hirabayashi, J. / Dutta, S.K. / Kasai, K. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 75.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 55.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14746.550 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: pET21 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 多糖 | beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-lactose #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.82 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: sodium chloride, dipotassium hydrogen phosphate, sodium dihydrogen phosphate, imidazole, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月3日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 27297 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 22.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.294 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 2660 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1XYF 解像度: 1.9→42.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 2.764 / SU ML: 0.083 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.103 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→42.29 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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