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万見
- PDB-2zpk: Crystal structure of P20.1 Fab fragment in complex with its antig... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zpk
タイトルCrystal structure of P20.1 Fab fragment in complex with its antigen peptide
要素
  • IgG1-lambda P20.1 Fab (heavy chain)
  • IgG1-lambda P20.1 Fab (light chain)
  • Proteinase-activated receptor 4
キーワードIMMUNE SYSTEM / mouse IgG Fab fragment in complex with antigen peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


thrombin-activated receptor activity / platelet dense granule organization / positive regulation of Rho protein signal transduction / Peptide ligand-binding receptors / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / G protein-coupled receptor activity / platelet activation / platelet aggregation / response to wounding / blood coagulation ...thrombin-activated receptor activity / platelet dense granule organization / positive regulation of Rho protein signal transduction / Peptide ligand-binding receptors / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / G protein-coupled receptor activity / platelet activation / platelet aggregation / response to wounding / blood coagulation / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / protease binding / signal transduction / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Protease-activated receptor 4 / Protease-activated receptor / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Proteinase-activated receptor 4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Nogi, T. / Sanagawa, T. / Takagi, J.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2008
タイトル: Novel affinity tag system using structurally defined antibody-tag interaction: application to single-step protein purification
著者: Nogi, T. / Sangawa, T. / Tabata, S. / Nagae, M. / Tamura-Kawakami, K. / Beppu, A. / Hattori, M. / Yasui, N. / Takagi, J.
履歴
登録2008年7月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02019年12月25日Group: Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: IgG1-lambda P20.1 Fab (light chain)
H: IgG1-lambda P20.1 Fab (heavy chain)
P: Proteinase-activated receptor 4
M: IgG1-lambda P20.1 Fab (light chain)
I: IgG1-lambda P20.1 Fab (heavy chain)
Q: Proteinase-activated receptor 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,3729
ポリマ－94,0956
非ポリマー2763
水7,963442
1
L: IgG1-lambda P20.1 Fab (light chain)
H: IgG1-lambda P20.1 Fab (heavy chain)
P: Proteinase-activated receptor 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1404
ポリマ－47,0483
非ポリマー921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4800 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area18440 Å2
手法PISA
2
M: IgG1-lambda P20.1 Fab (light chain)
I: IgG1-lambda P20.1 Fab (heavy chain)
Q: Proteinase-activated receptor 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2325
ポリマ－47,0483
非ポリマー1842
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4860 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area18570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.045, 65.271, 85.030
Angle α, β, γ (deg.)99.93, 93.50, 96.46
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: 抗体 IgG1-lambda P20.1 Fab (light chain)


分子量: 22933.459 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Balb/c
#2: 抗体 IgG1-lambda P20.1 Fab (heavy chain)


分子量: 23240.305 Da / 分子数: 2 / Fragment: Variable and Constant region / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Balb/c
#3: タンパク質・ペプチド Proteinase-activated receptor 4 / PAR-4 / Thrombin receptor-like 3 / Coagulation factor II receptor-like 3


分子量: 873.976 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 46-53 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence occurs in the N-terminal region of human protease-activated receptor 4.
参照: UniProt: Q96RI0
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 442 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE OF ENTITY 1 (AB447555) AND 2 (AB447554) HAVE BEEN DEPOSITED TO DDBJ.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 20-23% (wt/vol) PEG 3000, 0.1M Sodium acetate (pH4.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DIP-6040 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→46.78 Å / Num. obs: 76301 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 21.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.234 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 10894 / % possible all: 95.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NC4

1nc4


解像度: 1.8→46.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 5.002 / SU ML: 0.079 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2037 3774 4.9 %RANDOM
Rwork0.1719 ---
obs0.1735 72513 97.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.33 Å2-0.58 Å2-0.8 Å2
2---0.28 Å20.8 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→46.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6441 0 18 442 6901
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0226922
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.471.959525
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6765917
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.5724.145234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.785151046
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9411520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.21092
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025238
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.22865
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.24718
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1220.2433
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1940.277
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1440.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7581.54561
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.22327320
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.94132745
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9534.52203
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 271 -
Rwork0.201 5211 -
obs-5482 94.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.06940.0730.83842.2443-0.04730.8707-0.039-0.0790.0017-0.01540.0110.03730.0099-0.06790.028-0.22560.02320.0122-0.1782-0.0022-0.158120.5038-4.651253.475
21.6005-1.9319-0.07195.52990.02730.52370.01460.0306-0.06830.0739-0.04670.0772-0.064-0.04980.0321-0.11320.02150.0001-0.1651-0.0046-0.135425.923426.781350.463
32.12740.05180.05223.5276-1.52242.64530.03360.1544-0.0251-0.23730.04690.01440.1139-0.0843-0.0805-0.15790.0053-0.0086-0.1369-0.0314-0.13649.4994-1.41934.7773
44.45210.1011.73633.23640.14424.7819-0.1767-0.12330.16530.05530.1219-0.182-0.15910.22190.0548-0.11710.026-0.0264-0.1841-0.0078-0.115429.896827.648734.5934
52.927-0.4777.04397.293110.06534.3760.0231-0.664-0.45680.61090.04680.06622.0749-0.4325-0.06990.0391-0.0267-0.0171-0.05620.00150.0586.3803-16.485946.6509
61.8841.12690.79292.68610.24633.70450.0728-0.1950.05530.2729-0.1774-0.0078-0.26520.0580.1046-0.1171-0.00180.008-0.1561-0.0048-0.154929.3034-13.067973.5812
71.75911.9274-3.86294.333-5.443613.1814-0.05490.14250.1952-0.3490.63770.5282-0.0385-1.4967-0.5828-0.0321-0.0134-0.030.14160.1-0.007912.5687-41.902784.7948
82.21141.3457-0.58242.8861-0.62355.01710.069-0.2145-0.03810.2527-0.1169-0.0751-0.10440.26450.0479-0.0246-0.0588-0.0485-0.03320.021-0.095539.639-18.19592.495
92.28011.28291.72245.8036-0.02857.3169-0.0740.2796-0.0937-0.3035-0.0448-0.1810.23770.20160.1188-0.1239-0.02210.0428-0.05320.0262-0.110224.541-48.119393.8664
1031.5804-19.371817.813821.9623-10.353910.0810.02121.1051.3423-0.9109-0.8699-1.0527-0.6960.87870.84880.1634-0.1695-0.0250.11130.08230.004244.2829-3.048481.0185
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1LA1 - 1081 - 110
2X-RAY DIFFRACTION2LA109 - 210111 - 212
3X-RAY DIFFRACTION3HB1 - 1131 - 116
4X-RAY DIFFRACTION4HB114 - 213117 - 216
5X-RAY DIFFRACTION5PC1 - 81 - 8
6X-RAY DIFFRACTION6MD2 - 1082 - 110
7X-RAY DIFFRACTION7MD109 - 208111 - 210
8X-RAY DIFFRACTION8IE1 - 1131 - 116
9X-RAY DIFFRACTION9IE114 - 212117 - 215
10X-RAY DIFFRACTION10QF1 - 81 - 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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