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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2zp6 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Bovine Insulin (Hexameric form) | ||||||
要素 |
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キーワード | HORMONE / Hexameric form / Carbohydrate metabolism / Cleavage on pair of basic residues / Glucose metabolism / Secreted | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 estradiol secretion / negative regulation of lactation / positive regulation of blood circulation / glucose import in response to insulin stimulus / positive regulation of cell maturation / positive regulation of lactation / response to L-arginine / positive regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / negative regulation of appetite / response to butyrate ...estradiol secretion / negative regulation of lactation / positive regulation of blood circulation / glucose import in response to insulin stimulus / positive regulation of cell maturation / positive regulation of lactation / response to L-arginine / positive regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / negative regulation of appetite / response to butyrate / feeding behavior / response to growth hormone / response to food / positive regulation of Rho protein signal transduction / positive regulation of peptide hormone secretion / protein secretion / negative regulation of lipid catabolic process / response to glucose / response to nutrient levels / positive regulation of protein secretion / insulin receptor binding / positive regulation of insulin secretion / hormone activity / glucose metabolic process / glucose homeostasis / response to heat / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.56 Å | ||||||
データ登録者 | Jaimohan, S.M. / Naresh, M.D. / Mandal, A.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of Bovine Insulin (Hexameric form) 著者: Jaimohan, S.M. / Naresh, M.D. / Mandal, A.B. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005 タイトル: The structure of T6 bovine insulin 著者: Smith, G.D. / Pangborn, W.A. / Blessing, R.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2zp6.cif.gz | 32 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2zp6.ent.gz | 22.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2zp6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2zp6_validation.pdf.gz | 446.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2zp6_full_validation.pdf.gz | 448.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2zp6_validation.xml.gz | 6.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2zp6_validation.cif.gz | 8.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/2zp6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/2zp6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2a3gS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2339.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: Pancreas / 参照: UniProt: P01317 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3403.927 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: Pancreas / 参照: UniProt: P01317 #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.2 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 15% acetone, 0.6M Ammonium formate (metal basis), 0.6M sodium citrate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 291 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年6月20日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.56→14.75 Å / Num. all: 2464 / Num. obs: 2479 / Rsym value: 0.103 |
反射 シェル | 解像度: 2.56→2.64 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2A3G 解像度: 2.56→14.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 9.496 / SU ML: 0.209 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.306 / ESU R Free: 0.34 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.369 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.56→14.75 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.555→2.62 Å / Total num. of bins used: 20
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