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万見
- PDB-2zp2: C-terminal domain of KipI from Bacillus subtilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zp2
タイトルC-terminal domain of KipI from Bacillus subtilis
要素Kinase A inhibitor
キーワードTRANSFERASE INHIBITOR / kipI / histidine kinase inhibitor / ATP-binding / Nucleotide-binding / Protein kinase inhibitor / Sporulation
機能・相同性
機能・相同性情報


5-oxoprolinase (ATP-hydrolysing) / 5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing) activity / sporulation resulting in formation of a cellular spore / protein kinase inhibitor activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
KipI family / Carboxyltransferase domain, subdomain C and D / Carboxyltransferase domain, subdomain C and D / Allophanate hydrolase subunit 1 / Cyclophilin-like / Cyclophilin / Cyclophilin-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-oxoprolinase subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Langley, D.B. / Jacques, D.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Histidine kinase regulation by a cyclophilin-like inhibitor
著者: Jacques, D.A. / Langley, D.B. / Jeffries, C.M. / Cunningham, K.A. / Burkholder, W.F. / Guss, J.M. / Trewhella, J.
履歴
登録2008年6月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kinase A inhibitor
B: Kinase A inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6832
ポリマ－30,6832
非ポリマー00
水00
1
A: Kinase A inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3421
ポリマ－15,3421
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Kinase A inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3421
ポリマ－15,3421
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.909, 84.417, 84.409
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Kinase A inhibitor / Sporulation inhibitor kipI


分子量: 15341.532 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal domain, UNP residues 100-240 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: kipI / プラスミド: pET (novagen) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P60495

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 15% PEG 8000, 20% glycerol, 40mM potassium phosphate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年5月15日 / 詳細: Osmic mirror optics
放射モノクロメーター: Ni filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→17 Å / Num. all: 6751 / Num. obs: 6738 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 629 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345dtbデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2PHC

2phc


解像度: 3.01→16.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.872 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.788 / SU B: 21.564 / SU ML: 0.415 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.533 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS but are not displayed in the PDB
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.34378 321 4.8 %RANDOM
Rwork0.26354 ---
all0.26747 6399 --
obs0.26747 6375 99.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.673 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.09 Å20 Å20 Å2
2---1.64 Å20 Å2
3----1.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.01→16.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1635 0 0 0 1635
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0221677
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021050
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2191.992302
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88232593
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2225239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.90623.7540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.44915187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.555152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2269
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021933
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02315
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.2448
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1850.21067
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1850.2827
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.2865
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1180.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1820.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2930.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other0.10.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.27121221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2512494
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.18831882
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0134523
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4746420
LS精密化 シェル解像度: 3.007→3.082 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.494 19 -
Rwork0.302 424 -
obs--95.27 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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