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万見
- PDB-2zoo: Crystal structure of nitrite reductase from Pseudoalteromonas hal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zoo
タイトルCrystal structure of nitrite reductase from Pseudoalteromonas haloplanktis TAC125
要素Probable nitrite reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / nitrite (亜硝酸塩) / electron transfer (電子移動反応) / Electron transport (電子伝達系) / Heme (ヘム) / Iron (鉄) / Metal-binding / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


denitrification pathway / 亜硝酸レダクターゼ (NO形成) / nitrite reductase (NO-forming) activity / nitrate assimilation / electron transfer activity / ペリプラズム / copper ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Nitrite reductase, copper-type / シトクロムc / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Cytochrome c family profile. ...Nitrite reductase, copper-type / シトクロムc / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
スクロース / COPPER (II) ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Copper-containing nitrite reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudoalteromonas haloplanktis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Nojiri, M. / Tsuda, A. / Yamaguchi, K. / Suzuki, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Electron transfer processes within and between proteins containing the HEME C and blue Cu
著者: Nojiri, M. / Koteishi, H. / Tsuda, A. / Nakagami, T. / Kobayashi, K. / Inoue, T. / Yamaguchi, K. / Suzuki, S.
履歴
登録2008年5月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9948
ポリマ－47,6201
非ポリマー1,3747
水7,242402
1
A: Probable nitrite reductase
ヘテロ分子

A: Probable nitrite reductase
ヘテロ分子

A: Probable nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,98324
ポリマ－142,8613
非ポリマー4,12221
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area27470 Å2
ΔGint-240 kcal/mol
Surface area42600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)180.338, 180.338, 180.338
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number213
Space group name H-MP4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1054-

HOH

21A-1139-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Probable nitrite reductase


分子量: 47620.258 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 26-467 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pseudoalteromonas haloplanktis (バクテリア)
株: TAC125
参照: UniProt: Q3IGF7, EC: 1.7.99.3, 亜硝酸レダクターゼ (NO形成)
#2: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose / スクロース


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖, Oligosaccharideオリゴ糖
クラス: 栄養素栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: スクロース
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 408分子

#3: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION / 銅


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 402 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: Lithium sulfate, Ammonium sulfate, Sodium citrate, Sucrose, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: Bruker DIP-6040 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月29日
放射モノクロメーター: double crystals Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→43.8 Å / Num. all: 72995 / Num. obs: 72995 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1kbw, 1c52

1kbw

1c52


解像度: 1.95→8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 1.967 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18604 7167 10.1 %RANDOM
Rwork0.16564 ---
obs0.16769 63885 99.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3326 0 83 402 3811
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0223489
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5192.0024766
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.965437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.9925.414157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.45415527
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4191511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2524
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022693
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.21614
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.22389
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.120.2323
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0650.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1910.2153
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2010.274
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9931.52226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.36523497
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.33431418
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6434.51267
LS精密化 シェル解像度: 1.952→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 522 -
Rwork0.208 4436 -
obs--99.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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