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万見
- PDB-2zol: Crystal structure of H-2Db in complex with the W513S variant of J... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zol
タイトルCrystal structure of H-2Db in complex with the W513S variant of JHMV epitope S510
要素
  • 9-meric peptide from Spike glycoprotein
  • Beta-2-microglobulin
  • H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Ig fold / Glycoprotein / Immune response / Membrane / MHC I / Transmembrane / Immunoglobulin domain / Polymorphism / Secreted / Cleavage on pair of basic residues / Coiled coil / Envelope protein / Fusion protein / Host-virus interaction / Virion / Virulence
機能・相同性
機能・相同性情報


Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / beta-2-microglobulin binding / cellular defense response / Neutrophil degranulation ...Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / beta-2-microglobulin binding / cellular defense response / Neutrophil degranulation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / peptide binding / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / endocytosis involved in viral entry into host cell / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / learning or memory / receptor-mediated virion attachment to host cell / immune response / lysosomal membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / protein-containing complex binding / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, murine hepatitis virus-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin ...Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, murine hepatitis virus-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain / Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Theodossis, A. / Dunstone, M.A. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: J Immunol. / 年: 2008
タイトル: Structural and biological basis of CTL escape in coronavirus-infected mice.
著者: Butler, N.S. / Theodossis, A. / Webb, A.I. / Dunstone, M.A. / Nastovska, R. / Ramarathinam, S.H. / Rossjohn, J. / Purcell, A.W. / Perlman, S.
履歴
登録2008年5月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32019年11月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 1.62023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
C: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
B: Beta-2-microglobulin
F: 9-meric peptide from Spike glycoprotein
E: 9-meric peptide from Spike glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,5137
ポリマ－90,4176
非ポリマー961
水2,090116
1
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
E: 9-meric peptide from Spike glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2093
ポリマ－45,2093
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4190 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area18830 Å2
手法PISA
2
C: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
F: 9-meric peptide from Spike glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3054
ポリマ－45,2093
非ポリマー961
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3960 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area18540 Å2
手法PISA
3
C: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
F: 9-meric peptide from Spike glycoprotein
ヘテロ分子

A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
E: 9-meric peptide from Spike glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,5137
ポリマ－90,4176
非ポリマー961
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
Buried area9900 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area35630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.561, 71.033, 86.999
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.45, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12A
22C
13B
23D
14E
24F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 3

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROLEULEUAA2 - 1802 - 180
21PROPROLEULEUCB2 - 1802 - 180
12ARGARGTRPTRPAA181 - 274181 - 274
22ARGARGTRPTRPCB181 - 274181 - 274
13GLNGLNMETMETBD2 - 993 - 100
23GLNGLNMETMETDC2 - 993 - 100
14ABAABALEULEUEF1 - 91 - 9
24ABAABALEULEUFE1 - 91 - 9

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

#1: タンパク質 H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain / H-2D(B)


分子量: 32463.109 Da / 分子数: 2 / 断片: extracellular domain, UNP residues 25-299 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01899
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11835.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01887
#3: タンパク質・ペプチド 9-meric peptide from Spike glycoprotein / peptidic epitope S510


分子量: 910.007 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 510-518 / Mutation: W4S / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide / 参照: UniProt: Q02385
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.71 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 0.1M sodium citrate, 28% PEG 3350, 0.15M lithium sulfate, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→54.39 Å / Num. all: 27219 / Num. obs: 27219 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 51.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 3940 / Rsym value: 0.33 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
Blu-IceICEデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BZ9

1bz9


解像度: 2.7→33.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.87 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.795 / SU B: 15.253 / SU ML: 0.321 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.46 / ESU R Free: 0.412 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: number water chains for final H2DbW4S model
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30726 1368 5 %RANDOM
Rwork0.2537 ---
all0.2564 25849 --
obs0.2564 25849 99.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.996 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1 Å20 Å20.21 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3----0.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→33.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5991 0 5 116 6112
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0216180
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.961.9338387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1145716
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.54623.27318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.33151008
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4721548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2843
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.024826
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1740.22461
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2960.24001
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1280.2200
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.190.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1340.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.52923758
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.95435861
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.66342888
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.06152526
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A708tight positional0.030.05
2A316tight positional0.020.05
3B392tight positional0.020.05
4E36tight positional0.020.05
1A760loose positional0.425
2A327loose positional0.615
3B421loose positional0.455
4E28loose positional0.045
1A708tight thermal0.020.5
2A316tight thermal0.020.5
3B392tight thermal0.030.5
4E36tight thermal0.020.5
1A760loose thermal0.5410
2A327loose thermal0.410
3B421loose thermal0.6510
4E28loose thermal0.4110
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 108 -
Rwork0.307 1861 -
obs--98.7 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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